北京生科院建立單細胞環形RNA分析技術及表達圖譜
環形RNA是一類在真核細胞中廣泛存在的內源性非編碼RNA分子，在生物體發育過程中發揮重要作用。之前研究已在不同物種中鑒定出數百萬個環形RNA分子，并產生了大量用于揭示生物體組織表達模式的環形RNA數據資源。然而，由于大多數環形RNA表達量較低，傳統的轉錄組測序方法無法表征單個細胞環形RNA表達譜系特征及異質性。近年來，隨著單細胞全長轉錄組測序技術的發展，已可對單個細胞中環形RNA進行捕獲測定。盡管效率較低，仍可部分揭示單細胞分辨率下環形RNA的表達模式。因此，單細胞水平的環形RNA表達及功能研究已成為該領域重點關注的問題。 中國科學院北京生命科學研究院研究員趙方慶團隊致力于環形RNA方面的研究。6月10日，該團隊在《自然-通訊》（Nature Communications）上，發表了題為Exploring the cellular landscape of circular RNAs using full-le......閱讀全文
北京生科院建立單細胞環形RNA分析技術及表達圖譜
環形RNA是一類在真核細胞中廣泛存在的內源性非編碼RNA分子，在生物體發育過程中發揮重要作用。之前研究已在不同物種中鑒定出數百萬個環形RNA分子，并產生了大量用于揭示生物體組織表達模式的環形RNA數據資源。然而，由于大多數環形RNA表達量較低，傳統的轉錄組測序方法無法表征單個細胞環形RNA表達譜
環形RNA獲新研究進展
9月18日，國際著名學術期刊《細胞》在線發表了中科院上海生命科學研究院計算生物學伙伴研究所楊力課題組和生物化學與細胞生物學研究所陳玲玲課題組關于環形RNA研究的最新進展。該研究成果首次闡明了互補序列對外顯子來源環形RNA產生的調節機制，并進一步揭示了互補序列競爭性配對介導的可變環化調控，以全新的
環形RNA與線性RNA定量比較分析新系統CLEAR發布
1月15日，國際學術期刊Genomics,Proteomics & Bioinformatics在線發表了中國科學院－德國馬普計算生物學伙伴研究所楊力研究組關于環形RNA研究的最新進展“CIRCexplorer3: A CLEAR Pipeline for Direct Comparison o
我國科學家發現環形RNA新功能
基因“暗物質”間接參與免疫調節 人類基因“暗物質”環形RNA (核糖核酸)又被“發掘”一項新功能。中科院生物化學與細胞生物學研究所與中科院—馬普計算生物學研究所科研人員，合作研究發現了環形RNA及其生成調控過程參與抗病毒免疫反應，為環形RNA的功能和抗病毒免疫相關研究提供了新視角。日前，相關成
北京生科院發表環形非編碼RNA識別新技術
2月28日，國際學術期刊Briefings in Bioinformatics 發表了中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊題為Circular RNA identification based on multiple seed matching 的最新研究成果。因為目前在環形RNA識別方面存
北京生科院提出環形RNA全長轉錄本解析技術
4月12日，中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊在《自然-實驗手冊》（Nature Protocols）上，發表了題為Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究論文，建立了環形RNA全長
環形RNA：從“無名之輩”到“明日之星”
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516892.shtm動植物體內存在種類繁多的環形核糖核酸（circular RNA），其中以反向剪接產生的環形RNA含量最為豐富，因其具有獨特的閉環結構，近期引發全世界科學家的關注。在國家自然科學基金重大
科研家提出環形RNA全長轉錄本解析技術
近日，中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊在《自然-實驗手冊》（Nature Protocols）上，發表了題為Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究論文，建立了環形RNA全長轉錄本解析
研究開發出高效環形RNA檢測與定量工具
近日，中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）高遠團隊與動物研究所趙方慶團隊，開發出面向TB級轉錄組數據的高效環形RNA檢測與定量工具CIRI3，通過反向剪接序列比對與跨樣本整合算法設計，實現了TB級數據的超高速處理，并可高靈敏識別低豐度及非傳統剪接信號的新型環形RNA，突破了環形RNA大規模
北京生科院提出環形RNA識別的新方法
環形RNA是一類新報道的結構特殊的非編碼RNA。近兩年的研究發現，環形RNA在動物細胞內廣泛存在，且大多位于基因的外顯子區域。另有研究表明，少數環形RNA分子可以充當microRNA“海綿”，在轉錄后水平對基因表達進行調控。然而，目前絕大多數的環形RNA功能仍不明確，科學家們推測其可能與蛋白質及
解讀單細胞RNAseq技術
多年來，跟蹤一個單細胞的轉錄組，超出了我們的能力。但是現在，時代已經變了，新的單細胞RNA-seq方法，可以分析大量的細胞及它們的命運 多年來，跟蹤一個單細胞的轉錄組，超出了我們的能力。但是現在，時代已經變了，新的單細胞RNA-seq方法，可以分析大量的細胞及它們的命運。 我們都參加過大型生日派
解讀單細胞RNAseq技術
多年來，跟蹤一個單細胞的轉錄組，超出了我們的能力。但是現在，時代已經變了，新的單細胞RNA-seq方法，可以分析大量的細胞及它們的命運。 我們都參加過大型生日派對：在擁擠的房間里，與許多人聊天、吃飯和慶祝。但是，試想你并不知道壽星是誰，只是像一個局外者看待這個派對。你可能會覺得整個事件看起來與
分子細胞卓越中心發表關于環形RNA的綜述文章
5月17日，中國科學院分子細胞科學卓越創新中心陳玲玲團隊在Cell上，在線發表了題為Circular RNAs: characterization, cellular roles and applications的綜述論文。該論文系統梳理了針對環形RNA研究的生物學技術手段，總結了其以非編碼RN
北京生科院在環形RNA研究領域取得新進展
6月28日，國際學術期刊Nature Communications 在線發表了中國科學院北京生命科學研究院計算基因組實驗室趙方慶團隊題為Comprehensive identification of internal structure and alternative splicing even
單細胞RNA性能分析新方法
人體由130億個細胞按不同功能、分門別類順序組成，每個細胞都有其獨特的分子“指紋”，即使是坐落于同一族群之中的細胞也可以彼此不同。并且它們的活動也會隨時間變化。單細胞分析工具的應運而生就是為了解決細胞-細胞間非均質的復雜機制。正如德國慕尼黑大學（LMU）分子生物學家Wolfgang Enard教
單細胞RNA性能分析新方法
人體由130億個細胞按不同功能、分門別類順序組成，每個細胞都有其獨特的分子“指紋”，即使是坐落于同一族群之中的細胞也可以彼此不同。并且它們的活動也會隨時間變化。單細胞分析工具的應運而生就是為了解決細胞-細胞間非均質的復雜機制。正如德國慕尼黑大學（LMU）分子生物學家Wolfgang Enard教
研究揭示環形RNA促進相分離調控腫瘤發展分子機制
環形RNA是由pre-mRNA通過反向剪接形成的閉合環狀RNA分子，在生物體內可發揮miRNA海綿、結合蛋白以及翻譯成短肽等分子功能來調控各種生理和病理過程。與線性mRNA相比，環形RNA獨特的環狀結構使其具有更高的穩定性，在細胞內可更穩定地存在。因此，環形RNA更適合作為腫瘤的分子標志物及治療
計算小RNA分子的單細胞測序新法
最近，卡羅林斯卡學院的研究人員開發出了一種單細胞程序，測量了單個胚胎干細胞中短的非編碼RNA序列的絕對數量。這種新方法可以加深我們對于“基因是如何被調節、不同的細胞類型如何發展”的理解。相關研究結果發表在10月31日的《Nature Biotechnology》。當我們基因中的信息被使用時――例如構
單細胞RNA測序，眾多研究都pick它
多細胞測序和單細胞測序，你pick誰？如今，大多數研究人員也許會選擇后者，因為不一樣的角度，會帶來不一樣的見解。 多細胞測序和單細胞測序，你pick誰？如今，大多數研究人員也許會選擇后者，因為不一樣的角度，會帶來不一樣的見解。單細胞測序的最初動力來自癌癥研究，可幫助人們了解腫瘤異質性和腫瘤微環
單細胞RNA測序發現新的免疫細胞
最近在《Nature Immunology》發表的一項新研究，詳細檢測了一組新發現的免疫細胞（被稱為ILC）。通過對單個扁桃體細胞的基因表達進行分析，瑞典卡羅林斯卡學院的科學家們，發現了三個以前未知的ILC子群，并揭示了關于“這些細胞在人體中如何發揮功能”的更多信息。 先天淋巴細胞（ILC）是
生科院提出環形RNA內部序列結構可視化新方法
1月18日，中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊于Bioinformatics 雜志上在線刊發了題為Visualization of circular RNAs and their internal splicing events from transcriptomic data 的研究。該研
中國科學院動物所團隊綜述環形RNA藥物設計
環形 RNA（circular RNA,circRNA）是一類廣泛存在于真核細胞中的內源性非編碼 RNA 分子，在生物體發育過程中發揮著重要作用。其獨特的環狀結構使其免受外切酶降解，因此比線性 RNA 更加穩定。自 2010 年代初以來，circRNA 在 RNA 適配體、 guide RNA 等領
我國學者成功挖掘和識別哺乳動物環形RNA功能
2019年3月19日，國際學術期刊Cell Reports 在線發表了中國科學院北京生命科學研究院計算基因組學實驗室趙方慶團隊題為“Expanded expression landscape and prioritization of circular RNAs in mammals”的最新研究
環形RNA可變反向剪接和可變剪接表達圖譜被系統繪制
6月30日，國際學術期刊Genome Research 在線發表了中國科學院上海生命科學研究院計算生物學研究所楊力研究組和生物化學與細胞生物學研究所陳玲玲研究組關于環形RNA研究的最新進展：Diverse alternative back-splicing and alternative spl
中科院學者發現：環形RNA在天然免疫中的功能
近年來，隨著科學技術的發展，隱身于細胞中數以萬計的環形RNA逐漸浮出水面。但與已經被科學家反復深度剖析論證與人類生命活動密切相關的線形RNA相比，RNA分子家族的“新人”——環形RNA身上至今仍有許多未解之謎。當長鏈的核糖核酸（RNA）“變身”成環形RNA后，這些“重塑外形”的RNA是否連“內
北京生科院提出環形RNA全長轉錄本重建和定量新方法
國際學術期刊Genome Medicine 在線發表了中國科學院北京生命科學研究院計算基因組學實驗室趙方慶團隊題為Reconstruction of full-length circular RNAs enables isoform-level quantification 的最新研究成果。該研
單細胞測序，解密小RNA分子的未知功能
隨著科研人員對各種遺傳疾病和癌癥的深入挖掘，單細胞基因組方法捕獲的信息變得越來越重要。卡羅林斯卡學院（ Karolinska Institute）的研究人員近日公布了一種新方法，這種方法可以讀取個體胚胎干細胞中短的、非編碼RNA序列，有助于人們更好地理解基因如何調控不同細胞類型的發展。相關結
更便宜、更全面的單細胞RNA測序技術
康奈爾大學生物醫學工程學院助理教授Iwijn De Vlaminck課題組開發了一款更健全的、低成本的方法解決了這個問題，不僅推動了單細胞基因組學發展，而且為感染和免疫生物學研究提供了一條新途徑。這篇題為“Simultaneous Multiplexed Amplicon Sequencing
Nature－Methods：單細胞RNAseq方法的比較
隨著大家對單細胞轉錄組分析的興趣日益增加，開展單細胞RNA-seq的方法也在不斷涌現。近日，斯坦福大學的研究人員比較了市場上各種單細胞RNA擴增方法，以系統評估單細胞RNA-seq方法的靈敏度和準確性。他們的研究結果發表在《Nature Methods》在線版上。 目前，整個轉錄組的高
淺談單細胞RNA測序的技術與分析難點
如今，單細胞生物學是一個熱門話題。而在這一領域中，最前沿的則是單細胞RNA測序（scRNA-seq）。傳統“批量的”RNA測序方法（RNA-seq）可以一次處理成千上萬個細胞，并得到變異的平均水平。但是沒有兩個細胞是完全相同的，而scRNA-seq則可以揭示出每個細胞獨特的微妙變化，甚至可以揭示全新