成都生物所在系統發育基因組學研究方法中獲進展
系統發育基因組學研究，主要是利用基因組/轉錄組數據和基因組學方法解決重要類群的進化關系，從而揭示物種起源與分化以及多樣性形成機制等重要問題。與傳統的系統發育研究相比，系統發育基因組學具有信息量大、結果可靠的優點。但是在這個新興的領域，研究方法的發展嚴重滯后于數據量的爆炸式增長。傳統的方法在處理成千上萬個基因數據時運算較慢，存在難以克服的系統誤差(如速率異質性)。為此，科研人員新提出了“一個基因一個性狀”的系統發育基因組學研究方法，以更好地適應系統發育基因組學發展的要求。 龜在四足動物中的系統發育位置長期以來備受爭議。在龜是和鳥類還是蜥蜴的親緣關系更近的問題上，不同的研究會存在相互矛盾的結論。 中國科學院成都生物研究所系統進化與保育學科組呂彬博士和傅金鐘研究員通過測定烏龜的轉錄組，得到了4584個同源基因，同時使用了傳統方法和“一個基因一個性狀”的方法進行推斷。傳統的系統學方法強烈地支持龜與鳥和鱷魚的親緣關系最近，......閱讀全文
首個植物功能基因組學智能問答系統PlantGPT問世
近日，中國科學院院士、華南農業大學教授劉耀光和研究員祝欽瀧團隊聯合清華大學，開發了一個以擬南芥為基礎的植物功能基因組學專家問答系統PlantGPT，通過融合檢索增強生成技術和大語言模型微調方法，實現了對植物功能基因組學專業問題的精準回答與分析。相關成果在線發表于《先進科學》（Advanced S
成都生物所在系統發育基因組學研究方法中獲進展
系統發育基因組學研究，主要是利用基因組/轉錄組數據和基因組學方法解決重要類群的進化關系，從而揭示物種起源與分化以及多樣性形成機制等重要問題。與傳統的系統發育研究相比，系統發育基因組學具有信息量大、結果可靠的優點。但是在這個新興的領域，研究方法的發展嚴重滯后于數據量的爆炸式增長。傳統的方法在處理成
水生植物澤瀉科系統發育基因組學研究獲新進展
澤瀉科（Alismataceae）為古老的單子葉水生植物類群，包含17個屬約100個物種。該科植物在世界廣泛分布，因其復雜的進化歷史、較高的觀賞價值和生態價值等，長期以來一直受到植物進化生物學家及生態學家的關注。然而，由于該科植物形態復雜多變以及先前研究所采用的分子標記和樣本采集的局限性，該科屬間及
基因組學分析揭示
英國《自然》雜志18日在線公開的一篇基因組學論文顯示，來自西伯利亞阿爾泰山脈東部尼安德特人的祖先，和現代人祖先的相遇與交融繁殖可能比原先認為的更早。已有證據顯示，尼安德特人在47000年到65000年前在非洲之外就向現代人貢獻了遺傳物質。這項新研究還顯示，大約在10萬年前，現代人和尼安德特人之間
昆明植物所等在薔薇類系統發育基因組學研究中取得進展
薔薇類（rosids）和菊類（asterids）是真雙子葉植物的兩個主干分支，其中薔薇類包括17個目，140個科，約70,000個物種，呈現了豐富的形態多樣性，并具有重要的經濟價值。近十幾年以來，對葉綠體基因序列的分析支持薔薇類分為豆類分支和錦葵類分支。其中，豆類分支包括固氮支系（由葫蘆目Cuc
美印藥物基因組學與癌癥基因組學檢測商業化
美國Companiondx實驗室擬與健康信息技術服務商Enable Healthcare合作，向醫生推廣藥物基因組學檢測；印度癌癥醫學公司HCG宣布建立一個新的腫瘤基因中心，旨在下代測序技術能夠幫助定位腫瘤，從而提高化療和放療的效率和響應率 美國藥物基因組學檢測商業化 Companiondx實驗
豆科系統發育基因組學和根瘤菌固氮共生演化研究獲進展
原文地址：http://www.cas.cn/syky/202103/t20210322_4781822.shtml
Science專題：癌癥基因組學
在2001年完成人類基因組測序后，許多的研究人員立即將目光放到了利用這些信息來更好地了解遺傳學上。最近，越來越多的研究確定了表觀遺傳學在癌癥的發生、形成及發展過程中起效應。從鑒別與遺傳性癌癥相關的單基因變異的前基因組時代轉向，測序技術的進步使得研究人員能夠利用全基因組方法來檢測基因組間的差異，以
藥物基因組學的定義
藥物基因組學(pharmacogenomics),又稱基因組藥物學或基因組藥理學,是藥理學的一個分支,定義為在基因組學的基礎上,通過將基因表達或單核苷酸的多態性與藥物的療效或毒性聯系起來,研究藥物如何由于遺傳變異而產生不同的作用。
毒理基因組學的定義
毒理基因組學(toxicogenomics)是從多基因、全基因組水平研究毒物作用與基因表達的相互影響。其研究內容主要包括3個方面:促進環境應激原與疾病易感性關系的理解、闡明毒性分子機制、篩選和確認與疾病和毒物暴露相關的生物標志物(biomarkers)。
－Science：宏基因組學測序技術
宏基因組學技術(Metagenomic approaches)正快速拓寬我們對微生物代謝能力(microbial metabolic potential)的認識。 長期以來，對微生物(microorganism)功能開展的研究主要依賴的都是以在實驗室里培養的單一物種(individua
基因組學:－跨越癌癥研究國界
1982年11月，在尼日利亞海軍醫院外足球場上踢球的一名軍官，突然摔倒死亡。這名男子被帶到急診室時，當時還是一個新人的 Olufunmilayo Funmi Olopade醫生正在值班。“我們搞不明白為什么他死亡，這讓我感到震驚，從那時開始我意識到，我需要做更多的工作來理解和幫助人們。”Ol
作物基因組學研究進展
摘要：農作物基因組學研究的發展，對于有效利用現代分子生物學手段進行物種的遺傳改良發揮了重要作用。隨著測序技術的發展，已經實現對重要農作物，如水稻、小麥、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因組的測序或重測序，在此基礎上完成對控制重要農藝性狀基因的克隆和鑒定。本文綜述了２０１７年度主要農作物基因組
表觀基因組學研究指南（三）
今年九月，對于基因組研究者們來說是一個具有紀念意義的月份，因為美國人類基因組研究院(NHGRI)資助的ENCODE項目在 Nature，Genome Biology，Genome Research等雜志上公布了三十多份論文，還有在Science，Cell，以及the Journal
表觀基因組學研究指南（一）
今年九月，對于基因組研究者們來說是一個具有紀念意義的月份，因為美國人類基因組研究院(NHGRI)資助的ENCODE項目在Nature，Genome Biology，Genome Research等雜志上公布了三十多份論文，還有在Science，Cell，以及the Journal of Bi
基因組學為生物學家們揭示軟體動物神經系統演化的奧秘
本周的英國《自然》雜志在13日公開的基因學論文中，發表了章魚的基因組序列，為生物學家們提供了一個機會，得以深入了解這一類神奇生物復雜神經系統的演化過程。 章魚屬于軟體動物門頭足綱，它的“伙伴”還包括魷魚和墨魚，都是有著豐富而復雜行為的積極捕食者。在無脊椎動物當中，它們擁有多個引人注目的形態特征
基因組學推進腫瘤研究未來發展
——訪億明達腫瘤業務營銷副總裁約翰·萊特 基因組學正在改變腫瘤研究，其最終目標是推進癌癥的診斷、治療、監控及最終的篩查方式。 癌癥通常按照形態進行分類，這指的是病理學家在顯微鏡下看到的內容。“如今，癌癥分類依據已經開始從形態特征轉變為更有效的治療方式，其中的主要轉變在很大程度上歸功于基因組研
作物基因組學研究進展（一）
作物基因組學研究進展農作物基因組學研究的發展，對于有效利用現代分子生物學手段進行物種的遺傳改良發揮了重要作用。隨著測序技術的發展，已經實現對重要農作物，如水稻、小麥、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因組的測序或重測序，在此基礎上完成對控制重要農藝性狀基因的克隆和鑒定。本文綜述了２０１8年度主要農
基因組學出手－尋找番茄舊時味
近日，《科學》雜志以封面報道形式介紹了中美科學家關于番茄風味改良的化學和遺傳學路線圖研究成果，同期刊發了兩國科學家合作的論文。與此同時，《自然》雜志也就此在線發表了亮點報道。 小小番茄之所以獲得如此高的關注度，源于這種果實既是一種非常受消費者歡迎的蔬菜，又是植物生物學家的最愛之一，堪稱植物遺
當免疫治療遇到基因組學
近來一種能夠激活人體自身免疫系統對付腫瘤的新藥大獲成功，然而，只有部分癌癥患者得以受益。科學家們近來發現編碼肺部腫瘤的基因序列有可能能夠幫助我們預測免疫藥物能夠讓哪些人受益最多。 腫瘤細胞之所以能否逃脫人體免疫系統的監視，是通過激活了免疫T細胞表面一個叫做PD-1的受體。該受體被激活以后，T細
藥物基因組學發展和應用【四】
? 藥物基因組學為臨床醫生和臨床藥師提供了很大程度上改善幾百萬患者藥物治療效果的機會。但是，這個機會的利用卻受到阻礙和挑戰，并且新的知識還在不斷的更新。? ? 藥物受體的基因多態性? ? 一、β腎上腺素受體基因多態性? ? 目前認為至少存在β1、β2和β3三種不同的腎上腺素受體亞型，β1腎上腺素受體
作物基因組學研究進展（三）
⑸棉花基因組研究棉花是重要的天然纖維和油料作物，也是研究多倍體進化和作物馴化的重要模式植物。南京農業大學張天真等課題組通過將栽培棉與野生棉對比，繪制出了棉花表觀遺傳基因的“甲基化基因圖譜”，對野生棉和栽培棉之間超過１２００萬個的差異甲基化胞嘧啶進行分析，鑒定出５１９個表觀等位基因（ｅｐｉａｌｌｅｌｅ
藥物基因組學發展和應用【一】
影響患者對藥物反應的因素有很多，包括患者本身的內在因素如年齡、性別、種族/民族、遺傳、疾病狀態和器官功能，還有其它生理變化，包括懷孕、哺乳以及外源性因素如吸煙和飲食。基因變異可導致疾病表現和藥物反應的多樣性這一觀念目前已得到廣泛認可，并經許多的研究證實。對于一些遺傳因素影響研究比較明確的藥物，在治療
國際基因組學大會在長春落幕
10月24日，2011國際基因組學大會在長春落幕。中科院院士賀林、美國國立衛生研究院癌癥研究所資深研究員Charles Vinson等國內外知名專家學者，圍繞“基因組學時代的機遇與挑戰”主題，從基因組科學、基因組技術、基因組信息學與計算生物學、基因組轉化與應用等方面進行了交流，并就全球基因
藥物基因組學發展和應用【五】
藥物基因組學為臨床醫生和臨床藥師提供了很大程度上改善幾百萬患者藥物治療效果的機會。但是，這個機會的利用卻受到阻礙和挑戰，并且新的知識還在不斷的更新。? ? 藥物基因組學臨床應用的機遇與挑戰? ? 藥物反應個體差異的發現和遺傳機制的證實，為改變藥物治療模式提供了重要的理論依據。使傳統的“千人一
基因組學出手助番茄復“味”
以《更好吃的番茄》為題，1月27日的《科學》雜志用封面報道介紹了中美科學家關于番茄風味改良的化學和遺傳學路線圖研究成果，同期刊發了兩國科學家合作的論文。與此同時，《自然》雜志也就此在線發表了亮點報道。 《科學》和《自然》雜志如此重視這小小番茄的原因在于，番茄既是一種非常受消費者歡迎的蔬菜，根
作物基因組學研究進展（二）
⑵小麥基因組研究小麥是全球最重要的糧食作物之一，小麥的穩產和增產對我國乃至全世界糧食安全的影響舉足輕重。近年來由于全球氣候變化、環境變化的影響，小麥生產面臨嚴峻的挑戰，對于小麥的育種和品種改良工作提出了新的要求。普通小麥（Ｔｒｉｔｉｃｕｍ ａｅｓｔｉｖｕｍ Ｌ．）是３個不同亞基因組形成的異源
藥物基因組學發展和應用（三）
?藥物基因組學為臨床醫生和臨床藥師提供了很大程度上改善幾百萬患者藥物治療效果的機會。但是，這個機會的利用卻受到阻礙和挑戰，并且新的知識還在不斷的更新。? ? 藥物轉運體的基因多態性? ? 藥物的生物利用度不僅取決于藥物代謝酶的活性，在較大程度上也有賴于生物膜上轉運體的活性。轉運體分布在許多屏
藥物基因組學發展和應用【二】
?藥物基因組學為臨床醫生和臨床藥師提供了很大程度上改善幾百萬患者藥物治療效果的機會。但是，這個機會的利用卻受到阻礙和挑戰，并且新的知識還在不斷的更新。? ? 藥物代謝酶的基因多態性? ? 一、I相代謝酶? ? 人類細胞色素P450（CYP459）超家族在諸多藥物的代謝中發揮著重要作用，CYP
雜交稻基因組學研究獲進展
中科院上海生科院植物生理生態研究所韓斌院士課題組聯合中國水稻所楊仕華等團隊，在雜交稻基因組學及雜種優勢遺傳機制研究中獲重要進展，2月5日，相關成果在線發表于《自然—通訊》雜志。 據介紹，雜交水稻育種技術的成功是我國近幾十年來取得的一項重要科技成就。伴隨著汕優63、兩優培九等一大批高產雜交稻品種