共價化合物的分子對接問答詳解三則
1A: 有沒有人做過共價化合物的分子對接?B:薛定諤有，covalent docking。A:有沒有用過，結果可有價值?B:我有替實驗室師兄做過一次，挺大的天然產物去對接，全塞進腔里了，感覺有點不對勁。需要你去定義反應位點，以及化合物的反應基團及類型，比如邁克爾加成。殷賦科技:@A 你要針對少數化合物進行對接還是大批量對接?處理方式可以不同。少量的話，就可以重點研究每一個對接構象，批量的話，就不好一個一個看了。針對少量化合物，我就用Dock6來做非共價對接，然后再挑選合適的Pose，手動連接形成共價復合物。A:通過分子對接的方法，能不能判斷與蛋白是否可以形成共價結合呢?B:分子對接無法實現反應過程，能否形成還是得參考文獻。殷賦科技:共價結合的基礎是合適的構象、反應部位靠近，部分反應需要水分子、金屬離子或輔酶的參與。按照這個前提條件去過濾，可以把很大一部分化合物排除掉。剩下的，做QM/MM或者直接上實驗吧。盡管常規的分子對接無法實......閱讀全文
共價化合物的分子對接問答詳解三則
A: 有沒有人做過共價化合物的分子對接? B:薛定諤有，covalent docking。 A:有沒有用過，結果可有價值? B:我有替實驗室師兄做過一次，挺大的天然產物去對接，全塞進腔里了，感覺有點不對勁。需要你去定義反應位點，以及化合物的反應基團及類型，比如邁克爾加成。
共價化合物的分子對接問答詳解三則
1A: 有沒有人做過共價化合物的分子對接?B:薛定諤有，covalent docking。A:有沒有用過，結果可有價值?B:我有替實驗室師兄做過一次，挺大的天然產物去對接，全塞進腔里了，感覺有點不對勁。需要你去定義反應位點，以及化合物的反應基團及類型，比如邁克爾加成。殷賦科技:@A 你要針對少數化合
共價化合物的概念和特點
共價化合物：鹽酸是氯化氫氣體的水溶液。氫氣跟氯氣化合可以生成氯化氫氣體。氯和氫都是非金屬元素，不僅氯原子很容易獲得1個電子形成最外層8個電子的穩定結構，而且氫原子也容易獲得1個電子形成最外層2個電子的穩定結構。這兩種元素的原子獲得電子難易的程度相差不大，所以都未能把對方的電子奪取過來。兩種元素的原子
離子化合物和共價化合物的性質差異
離子化合物是通過離子鍵形成的化合物，離子鍵是由電子轉移（失去電子者為陽離子，獲得電子者為陰離子）形成的。即正離子和負離子之間由于靜電作用所形成的化學鍵。而共價化合物是通過共用電子構成的共價鍵結合而成的化合物，共價鍵是化學鍵的一種，兩個或多個原子共同使用它們的外層電子，在理想情況下達到電子飽和的狀態，
什么是分子對接？
分子對接是通過受體的特征以及受體和藥物分子之間的相互作用方式來進行藥物設計的方法。主要研究分子間(如配體和受體)相互作用,并預測其結合模式和親合力的一種理論模擬方法.近年來,分子對接方法已成為計算機輔助藥物研究領域的一項重要技術。
分子對接計算中如何確定對接口袋？
在一般的分子對接計算中，一個不可或缺的步驟是定義配體分子（通常為有機小分子）的結合位置，即對接口袋。對于蛋白-小分子復合物X-ray晶體結構，口袋內就有一個配體，它為我們指示了對接口袋的位置。但還有很多X-ray晶體結構、NMR解析的結構沒有配體結構，我們該如何確定對接口袋呢？更一般地，對于核酸
分子對接技術的主要方法
各種分子對接方法對體系均有一定的簡化，根據簡化的程度和方式，可以將分子對接方法分為三類。剛性對接：剛性對接方法在計算過程中，參與對接的分子構像不發生變化，僅改變分子的空間位置與姿態，剛性對接方法的簡化程度最高，計算量相對較小，適合于處理大分子之間的對接。半柔性對接：半柔性對接方法允許對接過程中小分子
化合物活性預測相關知識問答
Docking相關 A:新手想問一下，docking結果怎么判斷小分子和蛋白產生了結合呀，形成了疏水鍵或氫鍵嗎? B:打分越低越好，一般會設置一個已知的配體用來做參照，或者說用來檢驗參數是否合理。 A:我是選擇了有配體的蛋白，處理了蛋白和分子后進行docking，得到這個結果。
分子對接技術流程介紹
蛋白與小分子的對接受體結構準備：通過數據庫下載或同源建模構建受體三維結構；藥物分子準備；對接口袋的確定蛋白與蛋白的對接蛋白結構模型準備：通過數據庫下載或同源建模構建受體三維結構；對接，一般生成數萬種pose如果知道某些殘基參與結合，那么可以對對接pose進行過濾對對接POSE進行重新打分并排序，挑選
共價鍵的分子軌道理論
分子軌道理論分子軌道理論是比價鍵理論更精確的方法，其理論要點有1、分子中的電子不屬于某個原子軌道，而屬于整個分子；2、分子軌道由原子軌道線性組合而成，分子軌道數目等于組成分子軌道的原子軌道數目，其中些軌道能量降低，成為“成鍵軌道”另一些能量升高，成為“反鍵軌道”，還有一些能量不變，稱“非鍵軌道”；?
共價鍵的分子模型介紹
相比于鍵參數對共價鍵的描述，各種模型的描述顯得更加直觀。下表給出在分子模型中常用的顏色和對應元素。表6注：上表只是給出了常用的元素和對應顏色，與實際情況存在著一定的出入。球棍模型（Ball-and-stick models）圖11 甲烷的球棍模型(左)與比例填充模型球棍模型又稱“空間填充模型”，是一
共價鍵分子軌道理論
分子軌道理論是比價鍵理論更精確的方法，其理論要點有1、分子中的電子不屬于某個原子軌道，而屬于整個分子；?2、分子軌道由原子軌道線性組合而成，分子軌道數目等于組成分子軌道的原子軌道數目，其中些軌道能量降低，成為“成鍵軌道”另一些能量升高，成為“反鍵軌道”，還有一些能量不變，稱“非鍵軌道”；3、原子軌道
分子遺傳學詞匯共價延伸
中文名稱：共價延伸英文名稱：covalent elongation;covalent extension定 義：滾環復制時在一條斷裂的親本鏈3'-羥基端上不斷地發生DNA聚合作用。應用學科：遺傳學（一級學科），分子遺傳學（二級學科）
分子對接計算中如何確定對接口袋？（三）
在殷賦云計算平臺上定義對接口袋說了這么多，分子對接中使用游離蛋白作為受體時，又該如何定義對接口袋呢？計算平臺為我們提供了三種定義口袋的方式，對于復合物蛋白，可以通過“選擇文件”選擇之前就提取出來的配體分子進行定義（詳見平臺教程，在微信公眾號首頁回復“計算教程”即可獲得下載鏈接）；對于游離蛋白，可通過
分子對接計算中如何確定對接口袋？（二）
3、從返回的結果中找到Output files，下載我們需要的pdb文件文件①是輸入的pdb文件（我們輸入了PDB ID，POCASA自動從RCSB PDB庫中下載蛋白文件），文件②是我們需要的輸出結果，包含了若干潛在口袋的位置信息。將兩者下載下來，然后使用PyMOL或其他分子圖形軟件觀察分析。（P
分子對接計算中如何確定對接口袋？（一）
在一般的分子對接計算中，一個不可或缺的步驟是定義配體分子（通常為有機小分子）的結合位置，即對接口袋。對于蛋白-小分子復合物X-ray晶體結構，口袋內就有一個配體，它為我們指示了對接口袋的位置。但還有很多X-ray晶體結構、NMR解析的結構沒有配體結構，我們該如何確定對接口袋呢？更一般地，對于核酸、多
分子對接技術研究化合物1與受體PARP1的結合模式
項目說明 采用分子對接技術研究化合物1與受體PARP1的結合模式（圖1）。 圖1.化合物1的化學結構 2.計算方法 從RCSB Protein Data Bank（http://www.rcsb.org）下載PARP1的X-ray晶體結構（PDB 編號：4RV
分子對接技術的起源及方法
分子對接這一想法的歷史可以追溯到19世紀提出的受體學說，Fisher提出的受體學說認為，藥物與體內的蛋白質大分子即受體會發生類似鑰匙與鎖的識別關系，這種識別關系主要依賴兩者的空間匹配。隨著受體學說的發展，人們對生理活性分子與生物分子的相互作用有了更加深刻的認識，從基于空間匹配的剛性模型逐漸發展成為基
分子對接技術研究化合物1與受體PARP1的結合模式（蛋白...
分子對接采用分子對接技術研究化合物1與受體PARP1的結合模式（圖1）。?圖1.化合物1的化學結構?2.計算方法從RCSB Protein Data Bank（http://www.rcsb.org）下載PARP1的X-ray晶體結構（PDB 編號：4RV6，分辨率：3.19 ?），以第一個構象作為
分子對接有什么用途？
探索藥物小分子和大分子受體的具體作用方式和結合構型;篩選可以與靶點結合的先導藥物（虛擬篩選）;解釋藥物分子產生活性的原因;指導合理地優化藥物分子結構。
化合物虛擬篩選平臺技術交流問答
虛擬篩選相關A:問一下，貴公司有沒有關于虛擬篩選的在線培訓課程?小殷?:沒有呢。不過今年平臺會上線虛擬篩選功能，屆時會針對此功能進行免費培訓。A?:哦哦，之前看過公眾號的教程，哈哈哈，但是想系統學一下如何選擇和使用分子庫。殷賦科技?: 分子庫大多使用商業庫，主要看你們經費條件。盡量選擇結構多樣性良好
主要分子對接軟件功能特點介紹
DOCKDock是應用最廣泛的分子對接軟件之一，由Kuntz課題組開發。Dock應用半柔性對接方法，固定小分子的鍵長和鍵角，將小分子配體拆分成若干剛性片斷，根據受體表面的幾何性質，將小分子的剛性片斷重新組合，進行構像搜索。在能量計算方面，Dock考慮了靜電相互作用、范德華力等非鍵相互作用，在進行構像
主體分子β環糊精（βCD）與客體分子cinnarizine的對接研究
1.項目說明 研究主體分子β-環糊精（β-CD）與客體分子cinnarizine的結合模式、相互作用力和結合位點。 圖1.cinnarizine 2.計算方法 從Crystallography Open Database（http://www.crystallograp
主體分子β環糊精（βCD）與客體分子cinnarizine的對接研究
1.項目說明研究主體分子β-環糊精（β-CD）與客體分子cinnarizine的結合模式、相互作用力和結合位點。圖1.cinnarizine2.計算方法從Crystallography Open Database（http://www.crystallography.net/） 下載β-環糊精（CO
分子遺傳學詞匯共價閉合環狀DNA
中文名稱：共價閉合環狀DNA外文名稱：cccDNA定義：共價閉合環狀DNA（cccDNA）是乙型肝炎病毒的原始復制模板,對乙型肝炎病毒的復制具有重要的意義,藥物難以清除。
如何處理對接時候的蛋白自帶小分子
想加入微信學術交流群的朋友，請在公眾號首頁輸入“加群”，驗證后入群。 殷賦云平臺-分子對接方案，智能化預測蛋白質、多肽、核酸與小分子間的相互作用，識別文末二維碼了解更多！ 1 A：請教蛋白自帶好多小分子，對接的時候怎么處理呢? 殷賦科技：對接時并不需要這些小分子，其用途
如何處理對接時候的蛋白自帶小分子？
1A：請教蛋白自帶好多小分子，對接的時候怎么處理呢?答：對接時并不需要這些小分子，其用途只有一個——幫助定位口袋。因此，保存你需要的小分子，其他清除掉。但有一種情況例外，輔酶分子或類似作用的分子應當保留在受體中，因為它將作為受體的一部分與配體產生相互作用。A：有的還帶有金屬離子~ 是不是也應該保留。
如何科學合理地對待分子對接結果
這不是一個簡單的問題，我沒有做過系統性的研究，僅說一下經驗之談。歡迎大家留言討論，各抒己見。將問題分解一下，本文主要回答兩個問題：A、如何判斷結合模式好壞？B、如何評價結合能力高低？ 討論的重點是結合模式的判斷，因為我們已知現有的對接軟件的打分函數預測能力非常有限，而且一般情況下是我們不能
如何科學合理地對待分子對接結果？
這不是一個簡單的問題，我沒有做過系統性的研究，僅說一下經驗之談。歡迎大家留言討論，各抒己見。將問題分解一下，本文主要回答兩個問題：A、如何判斷結合模式好壞？B、如何評價結合能力高低？討論的重點是結合模式的判斷，因為我們已知現有的對接軟件的打分函數預測能力非常有限，而且一般情況下是我們不能左右的。由于
什么是分子化合物？
化合物成分子狀態者稱為分子化合物，如水、糖等。