昆明植物所利用第二代測序儀測定鐵竹線粒體基因組
同動物的線粒體基因組相比，植物的線粒體基因組有著十分獨特的進化方式，如具有較大的基因組、極低的分子進化速率和相對較頻繁的基因組結構上的變異等特性。目前，植物線粒體基因組大都通過傳統的Sanger法進行測序，需要耗費大量的人力和物力，嚴重限制了植物線粒體基因組的測序，進而導致對其獨特進化方式的研究進展緩慢。第二代測序技術的出現為大規模測序基因組序列提供了可能，這些技術現已成功應用于植物葉綠體基因組的測序，但是其在植物線粒體基因組測序上的應用尚缺乏深入的研究。 最近，中國科學院昆明植物研究所博士生馬朋飛在李德銖研究員和郭振華研究員的指導下，利用第二代測序技術Illumina測定了6種竹子的葉綠體基因組全序列，并且發現Illumina測序序列中還包含了大量來自線粒體基因組的序列，這些序列是否可以通過拼接而獲得較完整的線粒體基因組序列，從而為測序植物線粒體基因組提供新的途徑?該研究選取了其中的裂籜鐵竹(Ferrocalamus......閱讀全文
昆明植物所利用第二代測序儀測定鐵竹線粒體基因組
同動物的線粒體基因組相比，植物的線粒體基因組有著十分獨特的進化方式，如具有較大的基因組、極低的分子進化速率和相對較頻繁的基因組結構上的變異等特性。目前，植物線粒體基因組大都通過傳統的Sanger法進行測序，需要耗費大量的人力和物力，嚴重限制了植物線粒體基因組的測序，進而導致對其獨特進化方式的研究
葉綠體和線粒體基因組變異檢測獲突破
近日，《公共科學圖書館―綜合》發表了中國農業科學院油料作物研究所博士后曾長立與合作導師伍曉明研究建立的能高通量檢測葉綠體和線粒體基因組遺傳變異的新方法。 據曾長立介紹，葉綠體和線粒體基因組作為植物細胞質基因組，對光合作用、呼吸作用等重要生命過程具有重要意義。 研究葉綠體和線粒體基因組
葉綠體基因組
葉綠體是地球上綠色植物把光能轉化為化學能的重要細胞器，葉綠體中進行的光合作用是嚴格地受到遺傳控制的。早在20世紀初，人們就已知葉綠體的某些性狀是呈非孟德爾式遺傳的，但直到60年代才發現了葉綠體DNA(chloroplast DNA，ctDNA)。葉綠體基因組是一個裸露的環狀雙鏈DNA分子，其大小在1
《自然》：美首次對老鼠基因組調控序列測序
美國科學家在7月1日出版的英國《自然》雜志上撰文表示，他們首次詳細標示出了老鼠基因組功能序列中一個重要部分——調控序列的詳細情況。老鼠是生物醫學研究中最廣泛使用的哺乳動物模型，因此，最新研究也將有助于我們進一步解讀人類基因組。 加州大學圣地亞哥分校路德維格癌癥研究所基因調控實驗
美首次對老鼠基因組的調控序列測序
美國科學家在7月1日出版的英國《自然》雜志上撰文表示，他們首次詳細標示出了老鼠基因組功能序列中一個重要部分――調控序列的詳細情況。老鼠是生物醫學研究中最廣泛使用的哺乳動物模型，因此，最新研究也將有助于我們進一步解讀人類基因組。 加州大學圣地亞哥分校路德維格癌癥研究所基因調控實驗室主任任兵教
PacBio構建目前最高質量的植物基因組參考序列
來自中科院遺傳與發育生物學研究所，四川農業大學的研究人員發表了題為“Sequencing and de novo assembly of a near complete indica rice genome”的文章，對一個秈稻基因組蜀恢498（R498）進行PacBio單分子測序，結合遺傳圖譜和
科學家構建出目前最高質量的植物基因組參考序列
隨著PacBio單分子實時（SMRT）測序技術的發展，利用它已能夠獨立完成高質量基因組草圖的組裝。然而，這些草圖序列中仍然存在多種錯誤，比如序列中會包含有很多嵌合體（即不同位置的序列連接到了一起）或是組裝質量比較差的區域等，特別是重復序列區域有的沒有組裝出來，有的組裝出來多個序列，而且這些錯誤通
二代測序技術助龍膽族葉綠體基因組進化和系統學獲進展
隨著二代測序技術的發展，植物葉綠體基因組序列已普遍應用于重建植物“生命之樹”研究中。大多數植物葉綠體基因組呈環狀四分體結構，包含約80個蛋白編碼基因。葉綠體基因組由于缺乏重組，而常被認為是連鎖的單一基因座；然而，越來越多的研究表明，葉綠體基因組中不同區域以及不同編碼基因具有不同的核酸替代速率，經
測序技術及DNA序列測定結果分析
實驗概要?在分子生物學研究中，DNA的序列分析是進一步研究和改造目的基因的基礎。目前用于測序的技術主要有Sanger等（1977）發明的雙脫氧鏈末端終止法和Maxam和 ? Gilbert（1977）發明的化學降解法。這二種方法在原理上差異很大，但都是根據核苷酸在某一固定的點開始，隨機在某一個特定的
鳥槍法如何測序
全基因組鳥槍法測序（Whole Genome Shotgun Sequencing）無需構建各類復雜的物理圖譜和遺傳圖譜，采用最經濟有效基因組鳥槍法測序/鳥槍法Shotgun測序（Whole Genome Shotgun Sequencing）無需構建各類復雜的物理圖譜和遺傳圖譜，采用最經濟有效的實
什么是基因組測序技術
自1998年美國塞萊拉遺傳公司組建以來，人類基因組研究開始由兩部分科學家同時展開，分別是由公共經費支持的人類基因組工程和美國塞萊拉遺傳公司。在研究過程中，他們也分別采用了兩種不同的測序和分析的方法。塞萊拉公司的核心分析方法被稱為"霰彈法"，人類基因組工程則采用了"克隆法"。所謂"霰彈法"，其實是一種
葉綠體基因組的概念
采用高鹽、低pH值法提取雷蒙德氏棉葉綠體DNA;通過物理剪切法獲得隨機斷裂的DNA片段;剪切片段末端、補平修飾后與pCC1FOS載體連接;用噬菌體包裝蛋白包裝重組DNA,侵染大腸桿菌EPI300,構建了雷蒙德氏棉葉綠體基因組文庫。對于葉綠體DNA剪切,以1 mL注射器中等速度吸打18次為最佳參數。
細胞器基因組組裝軟件開發研究獲進展
真核生物細胞器基因組包括線粒體和質體（包括葉綠體、白色體等）的全部DNA分子，是細胞質遺傳的主要載體。在動植物和真菌的單個細胞內，有多個（甚至成千上萬個）細胞器基因組單元的拷貝，使得利用低覆蓋度的全基因組測序數據組裝得到完整的細胞器基因組成為可能。隨著DNA高通量測序技術的發展，測序成本下降，低
昆明植物所完成六種木本竹子葉綠體基因組全序列的測定
竹亞科（Bambusoideae）隸屬于禾本科（Poaceae），全世界共分布有一千余種。木本竹子因種類數目多，形態性狀復雜多變及多年生一次性開花等原因而成為系統發育學研究難點。隨著新一代測序技術的興起，系統發育基因組學為解決這類困難類群的系統發育關系帶來了曙光。 中國科學院昆明植物研究所李德
三代測序技術實現44倍測序序列連續性提升
2019年9月3日，PNAS（美國科學院院報）在線發表了上海交通大學王文琴副教授團隊課題組題為“Plant evolution and environmental adaptation unveiled by long-read whole-genome sequencing of Spirodel
葉綠體基因組遺傳信息獲取技術體系建立
記者日前從中科院昆明植物所獲悉，該所種質資源庫多年來致力于葉綠體基因組學研究，并建立了較為完善的葉綠體基因組遺傳信息獲取技術體系。該技術體系解決了葉綠體基因組獲取方法需要大量新鮮材料以及一些物種因個體微小須通過二代測序方法獲取葉綠體基因組的難題。 2012年以來，科研人員利用二代測序技術研究了
關于葉綠體DNA的詳細介紹
12個cpDNA分子。葉綠體具有獨立基因組，被認為是內共生起源的細胞器。葉綠體基因組是多拷貝的，具有比較保守的環狀結構，但也存在著一些例外。葉綠體基因組主要用于編碼與光合作用密切相關的一些蛋白和一些核糖體蛋白。葉綠體基因表達調控是在不同水平上進行的，光和細胞分裂素對葉綠體基因的表達也起著重要的調
葉綠體基因組的特點介紹
葉綠體基因組在很多方面與線粒體基因組的結構是相似的。葉綠體DNA（cpDNA）是雙鏈環狀，缺乏組蛋白和超螺旋。cpDNA中的GC含量與核DNA及mtDNA有 很大的不同。因此可用CsCl密度梯度離心來分離cpDNA。 每個葉綠體中cpDNA的拷貝數隨著物種的不同而不同。但都是多拷貝的。這些拷貝
版納園等自主開發出葉綠體全基因組分析比較基因組程序包
高通量測序(High-throughput sequencing)，又稱“下一代”測序(Next-generation sequencing)，是近年來在測序技術發展史中具有革命性改變的新突破，能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子同時測序，因此能對物種的轉錄組和基因組進行比以往較細致全貌的
關于葉綠體DNA的介紹
chloroplast DNA（cpDNA），存在于葉綠體內的DNA。高等植物葉綠體的DNA為雙鏈共價閉合環狀分子，其長度隨生物種類而不同，其大小在120kb到217kb之間，相當于噬菌體基因組的大小，例如，T4噬菌體的基因組約165kb。葉綠體DNA不含5-甲基胞嘧啶，這是鑒定cpDNA及其純
葉綠體DNA的基本介紹
chloroplast DNA（cpDNA），存在于葉綠體內的DNA。高等植物葉綠體的DNA為雙鏈共價閉合環狀分子，其長度隨生物種類而不同，其大小在120kb到217kb之間，相當于噬菌體基因組的大小，例如，T4噬菌體的基因組約165kb。葉綠體DNA不含5-甲基胞嘧啶，這是鑒定cpDNA及其純
細胞化學基礎葉綠體DNA
chloroplast DNA（cpDNA），存在于葉綠體內的DNA。高等植物葉綠體的DNA為雙鏈共價閉合環狀分子，其長度隨生物種類而不同，其大小在120kb到217kb之間，相當于噬菌體基因組的大小，例如，T4噬菌體的基因組約165kb。葉綠體DNA不含5-甲基胞嘧啶，這是鑒定cpDNA及其純度的
西北農林科技大學PLOSGenetics發表紅棗基因組序列測序結果
高品質的干棗基因組序列，以及從其近緣種樹木的基因序列，能夠闡明這種人類已經種植超過7000年的古老果樹的馴化歷史。近期，西北農林科技大學與美國康奈爾大學Boyce Thompson植物研究（BTI）以及北京林業大學的研究人員合作，對中國干棗進行了基因組測序，相關結果發表在12月22日的《PLOS G
簡述單分子測序技術—第三代測序技術的基因組測序應用
由于具有讀長長的特點，SMRT測序平臺在基因組測序中能降低測序后的Contig數量，明顯減少后續的基因組拼接和注釋的工作量，節省大量的時間[25]。Christophern等[26]僅僅用0.5*的Pacbio RS系統長度的數據與38*的二代測序(NGS)的測序數據，對馬達加斯加的一種指猴基因
新一代測序在農業領域大放光彩
普通農夫的谷倉里肯定沒有最新款的HiSeq測序系統。不過，這并不意味著新一代測序（NGS）在農業領域就不如醫學領域那么重要。 喬治亞大學的特聘教授Andrew Paterson就利用NGS來捕獲群體的多樣性，他將基因型與參考基因組進行比較。他領導的植物基因組作圖實驗室也利用NGS從不同個體中獲
武漢植物園在獼猴桃葉綠體基因組研究中獲得新進展
獼猴桃（Actinidia chinensis）是一種富含Vc的經濟水果，目前在全世界越來越受到消費者歡迎。盡管我國學者對中華獼猴桃的全基因組進行了測序，然而對獼猴桃葉綠體基因組并未進行組裝和注釋。 中國科學院武漢植物園獼猴桃資源與育種學科組副研究員姚小洪在研究員黃宏文的指導下，完成了不同倍性
發表論文的捷徑？線粒體測序論文太多
David Roy Smith是來自加拿大韋仕敦大學的一位生物學助理教授，近期他在The Scientist雜志上發文，指出目前涌現了太多線粒體基因組測序論文，2014年GenBank中新增的線粒體基因組序列信息多達上千條，這幾乎比上一年激增了15%。 Smith指出，很少有人會質疑這些線粒體
－Science：宏基因組學測序技術
宏基因組學技術(Metagenomic approaches)正快速拓寬我們對微生物代謝能力(microbial metabolic potential)的認識。 長期以來，對微生物(microorganism)功能開展的研究主要依賴的都是以在實驗室里培養的單一物種(individua
簡述全基因組測序的技術路線
全基因組測序的技術路線：提取基因組DNA，然后隨機打斷，電泳回收所需長度的DNA片段（0.2~5Kb），加上接頭, 進行DNA簇（Cluster）制備，最后利用Paired-End（Solexa）或者Mate-Pair（SOLiD）的方法對插入片段進行測序。然后對測得的序列組裝成Contig，通
Nature：藻類基因組解讀葉綠體秘史
我們初學生物時接觸得最早的就是光合作用，光合作用利用二氧化碳、水和太陽能合成有機物。世界上最重要的光合作用真核生物(植物)多半并不是自己演化出光合作用能力的，它們的葉綠體是從其他生物中“拿來”的。 這些葉綠體來源于真核宿主吞食的光合細菌，這一過程被稱為初級內共生。隨后，紅藻和綠藻中的葉綠體