蛋白質組學之逆襲：深度注釋基因組（二）

針對一些乳腺癌亞型和攜帶常見突變如PIK3CA和TP53突變的腫瘤，分析結果揭示出了一些新的蛋白質標記物和信號通路。另外將一些基因中的拷貝數改變與蛋白質水平聯系一起，從而鑒別出了10個新的候選調控因子。其中兩個候選基因SKP1和 CETN3可能與癌基因EGFR有關聯。EGFR是一種特別具有侵襲性的乳腺癌亞型——“基底細胞樣”腫瘤的標志物。除此之外，通過孤立點分析了一些激酶的磷酸化狀態，凸顯出了乳腺癌樣本中一些異常活化的激酶，如HER2, CDK12, PAK1, PTK2, RIPK2和TLK2。分析的結果是用于人類乳腺癌研究的一個高質量的蛋白質組學資源，是利用能夠說明基因組與蛋白質組之間聯系的技術和分析方法獲得的。這些數據縮小了大的刪除區域和擴增區域內候選驅動基因的范圍，識別出了潛在的治療目標。

而在Cell題為“Integrated Proteogenomic Characterization of Human High-Grade Serous Ovarian Cancer”的報導中，同樣利用基于iTRAQ聯合串聯質譜的蛋白測量和鑒定技術，鑒定出這169種腫瘤樣品中的9600種蛋白，并且選擇研究了這些樣品中常見的3586種蛋白。分析了169名卵巢癌患者的腫瘤蛋白質組以便鑒定她們所患腫瘤中存在的關鍵性蛋白。通過將這些卵巢癌蛋白質組方面的發現與已知的這些腫瘤的基因組數據整合在一起，使我們重新認識了最為惡性的卵巢癌---漿液性卵巢癌（serous ovarian cancer）。

盡管很多人知道我們的基因在癌癥產生中發揮著作用，但是基因經常只是一個起始點。基因轉錄為RNA，然后RNA再翻譯為蛋白。這些蛋白的活性存在顯著差異，其中很多蛋白發生的變化影響它們的功能及其與其他蛋白之間的相互作用。癌癥（特別是高分級漿液性卵巢癌）的特征是遺傳指令發生差錯。一種情形是基因組的某些區域存在更多拷貝。這些所謂的拷貝數變化能夠導致蛋白豐度變化。在這項新的研究中，當對已知的發生拷貝數變化的基因組區域進行比較時，研究人員發現2號、7號、20號和22號染色體的部分區域導致200多種蛋白的豐度發生變化。