基因組大數據還原野豬橫跨歐亞的百萬年遷徙歷程

近日，中國農業科學院農業基因組研究所農業基因編輯技術創新團隊深入解析了中亞野豬種群在跨越歐亞大陸百萬年的遷徙歷程中適應環境的獨特遺傳密碼，為理解大型哺乳動物如何應對環境變化提供了全新視角。相關研究成果發表在《細胞—基因組學》（Cell Genomics）上。

野豬是家豬的祖先，其起源于東南亞熱帶地區，歷經數百萬年向西、向北擴散至歐洲和中亞高緯度地區，面臨嚴寒、紫外線減弱等挑戰。然而，作為東西方關鍵通道的中亞地區野豬種群的遺傳歷史及適應機制，長期缺乏深入研究。

研究團隊首先對來自東亞、中亞及歐洲的47頭野豬基因組進行測序，并結合公共數據庫已有的49個基因組（包括7頭東南亞疣豬作為外群），構建了一個全面的數據集。這個數據集涵蓋了52頭東亞野豬（中國南部32頭、北部10頭、韓國10頭）、27頭歐洲野豬、3頭近東野豬和7頭中亞野豬。

進一步分析表明，野豬主要分為東亞支系和包含中亞、歐洲、近東野豬的西方支系。遺傳多樣性呈現梯度變化：從起源中心東南亞向外遞減（中國南部最高，近東最低）。東亞種群（尤其中國南部）歷史有效群體規模最大、多樣性最豐富。群體間遺傳分化指數地理距離基本吻合。

研究人員以疣豬為外群重建了野豬的遷徙歷史。結果顯示，野豬與疣豬分化后，最早分支（約180萬年前）將中亞祖先與中國南部祖先分開。東北亞祖先約100萬年前從中國南部野豬分化，向東北擴散。歐洲和近東野豬祖先約95萬年前從中亞祖先分離，并于約68萬年前彼此分化。

其中中亞地區的野豬為了適應干燥寒冷的環境，進化出獨特基因優勢。例如兩個控制脂肪代謝的基因變異，能幫助它們在食物短缺時儲存能量；另一個影響肉質的基因變化，可能解釋了野生種群強健的體格特征。這些發現不僅還原了野豬橫跨歐亞大陸的遷徙歷程，也為家豬育種改良提供了天然基因庫參考。

基因組所（大鵬灣實驗室）副研究員王子帥為論文第一作者。基因組所（大鵬灣實驗室）研究員李奎、副研究員白立景和香港科技大學（廣州）助理教授張延林為共同通訊作者。該研究得到深圳市杰出人才項目，國家重點研發計劃、國家自然科學基金等項目的支持。

相關論文信息：https://doi.org/10.1016/j.xgen.2025.100954