全基因組組裝工作是生物信息領域最基礎也是最難的課題之一。長久以來,這項工作的實現需要耗用極大量計算機內存。
曾在中科院西雙版納熱帶植物園動植物關系研究組工作的葉承羲(現為美國馬里蘭大學計算機系計算生物方向博士研究生)在該園工作期間內,提出一新穎簡潔的算法解決了這一難題。2012年4月,葉承羲在生物信息大會Recomb-seq國際會議上報告了該成果,其方法實現的高效性和組裝結果的高質量,獲得與會專家的一致肯定。
葉承羲在他的全基因組裝工作中提出了一種新穎的稀疏k-mer圖結構,該結構是葉承羲針對目前生物信息領域廣泛采用的de Bruijn圖的稀疏的改進。相對de Bruijn圖,稀疏k-mer圖略去了以往儲存在de Bruijn圖中的絕大多數冗余信息,節省了90-95%的計算資源,同時達到更好的效果。
這項技術有望將以往僅僅能在超級計算機上進行的人類基因組組裝任務在個人計算機上就能完成。該文方法目前已經在美國馬里蘭大學生物信息與計算生物學中心被實現為一個新的組裝軟件SparseAssembler。
相關工作已發表在在BMC Bioinformatics雜志。
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