1、引物長度一般為15-30bp，常用的為18-27bp，但不能大于38bp；
2、引物GC含量一般為40%-60%，以45-55%為宜，上下游引物GC含量和Tm值要保持接近；
3、引物所對應的模板序列的Tm值最好在72℃左右，至少要在55-80℃之間，Tm值曲線以選取72度附近為佳，5'到
3’的下降形狀也有利于引物與模板的結合；
4、ΔG值（自由能）反應了引物與模板結合的強弱程度，3'端的ΔG值相對要低，且絕對值不要超過9，否則不利于正確引發反應，3'末端雙鏈的ΔG值在0--2kcal/mol時，PCR產量幾乎達到百分之百，但在-6時只達到40%，-8時少于20%，-10時接近于0；
5、錯配率一般不要超過100，否則會出現非目的條帶。但對于某些特定的模板序列，還應結合比較其在正確位點的引發效率。如果兩者相差很大，比如在正確位點的引發效率為340以上，而在錯誤位點的引發效率為110，并且不好找到其他更合適的引物，那么這對引物是可以接受的；
6、Frq曲線為Oligo6軟件新引進的一個指標，解釋了序列片段存在的重復幾率大小，選取引物時，應該用Frq值相對較低的片段；
7、引物二聚體及發卡結構的能量的絕對值一般不要超過4.5，否則容易產生引物二聚體而且會降低引物濃度從而導致PCR不能正常發生；
8、3'端最好不要是連續堿基，GGG或CCC會導致錯誤的引發，同時3'端最后一個堿基最好不要是A或T，若是，會導致錯配；
9、以公式Tm=4*（G+C）+2*（A+T）-5計算Tm值，也就是退火溫度。選擇較低Tm值的引物的退火溫度為反應的退火溫度，最好保證每個引物的Tm值相匹配，且在70-75℃范圍內；
10、模板與穩定性較小的引物之間的Tm的差異越小，PCR的效率越高。因為解鏈溫度也取決于它的長度，如果期待的產物長度等于或小于500bp，選用端的引物（16-18bp），如果產物長5kb，則用24bp的引物；
11、在DNA測序和PCR中最好用5'末端穩定（GC含量多），而3'端不穩定（AT含量多）的引物，這種引物的結構可以有效地消除假引發反應；
12、引物和產物之間的Tm值相差別太大，20攝氏度范圍內最好。
13、對引物的修飾一般在5'端進行，例如加酶切位點，加酶切位點的同時要根據需要添加保護堿基。