酶切時所加的DNA 溶液體積不能太大，否則DNA 溶液中其他成分會干擾酶反應。
酶活力通常用酶單位（U）表示，酶單位的定義是在最適反應條件下，1 小時完全降解1 mg λDNA 的酶量為一個單位，但是許多實驗制備的DNA 不象λDNA 那樣易于降解，需適當增加酶的使用量。反應液中加入過量的酶是不合適的，除考慮成本外，酶液中的微量雜質可能干擾隨后的反應。
