U盤大小的DNA測序儀證實可用于檢測病原體

　　由華大基因和生物醫學中心（BioMed Central）聯合創辦的大數據期刊《GigaScience》3月26日報道了掌上手持型DNA測序儀的最新成果，這種測序儀可以在短短6個小時時間里區分細菌和病毒的種類。

　　去年，由英國Oxford Nanopore公司開發的，僅4英寸長、普通U盤大小MinION測序儀投入了市場，這種測序儀的出現對于整個基因測序行業來說意義重大，MinION測序儀僅售900美元，同那些笨重、價格高得令人咂舌的基因測序儀相比，它具有的革命性意義太多了。

　　比如說它是首個可以進行獨立評估的納米孔測序設備，這種USB供電的測序儀有上千個凹槽，每個凹槽中又有許多個納米孔，用于單個DNA鏈通過。當有DNA進入通道的時候，每個堿基會發出獨特的信號用于系統檢測記錄。

　　然而MinION的試用卻引發了一些爭論，來自日本的學者利用MinION對λ噬菌體的基因組以及蛇毒腺轉錄組的擴增子進行了重測序，但是卻提出盡管MinION測序儀能夠在一次運行中產生超過150 MB的原始數據，但最多四分之一的reads能定位到參考序列。大部分序列都包含插入/缺失的錯誤，或完全沒有相似性。他們認為，利用MinION來開展大的測序項目是不可行的。如果不增加準確性，MinION的實際應用似乎很有限。不過其他人卻認為這一評測并不成熟，關于其準確性的看法也不精確。

　　近期來自馬里蘭Edgewood 化學生物學中心等處的研究人員又對這一設備的應用進行了驗證，他們分析了大腸桿菌和三種牛痘病毒的DNA樣品。通過測序前的第一次DNA擴增，研究人員克服了MinION的30%出錯率，準確完成大腸桿菌（非特殊菌種）的識別。并且研究人員也發現納米孔測序數據也能用于識別不同的牛痘病毒，比如帶有MVA突變的菌種等，而這些菌種相互之間高達98%以上的相似度。

　　“我們的研究結果非常重要，因為這是第一次證實這一技術在當前狀態下的實用性，”文章作者，Edgewood 化學生物學中心的Andrew Kilianski 表示。

　　不過目前樣品測序過程中還需要進行擴增DNA用于檢測，這一點并不方便，而且這一技術也沒有用于更加復雜的樣品分析，比如宿主DNA。