Nature：T細胞功能調控的關鍵轉錄因子

　　T細胞是適應性免疫系統的主要組成部分, 它們在病菌感染中被功能活化, 參與宿主防御, 但是遇到自身抗原或者在慢性感染和腫瘤微環境中, 它們會發生命運改變, 進入功能失能命運, 但是調控T細胞功能失能的分子機制會不清楚。

　　來自清華大學醫學院，陸軍軍醫大學全軍臨床病理學研究所的研究人員發表了題為“Genome-wide analysis identifies NR4A1 as a key mediator of T cell dysfunction”的文章，通過轉錄組及表觀組學手段，發現功能缺陷的T細胞, 包括免疫耐受T細胞和慢性感染和腫瘤微環境導致的耗竭T細胞, 都特異性穩定高表達轉錄因子NR4A1。

　　這項研究公布在2月27日Nature雜志上， 為腫瘤免疫治療提供了新的靶點。文章通訊作者為清華大學醫學院董晨教授，陸軍軍醫大學全軍臨床病理學研究所卞修武教授，以及劉新東（同為一作）。

　　在這項研究中，研究人員發現功能缺陷的T細胞 [Dysfunctional T cell], 包括免疫耐受T細胞 [Tolerant T cell] 和慢性感染和腫瘤微環境導致的耗竭T細胞 [Exhausted T cell], 都特異性穩定高表達轉錄因子NR4A1。

　　NR4A1對于自身免疫疾病和腫瘤免疫都起著關鍵負調控作用。機制上, 它一方面通過競爭性結合AP-1在染色質的結合位點，從而阻抑T細胞功能分子的表達；另一方面，NR4A1與染色質超級增強子區域[Super enhancer]的結合能夠促進組蛋白的乙酰化水平(H3K27ac)，引發免疫耐受相關基因的超表達。

　　相對于活化T細胞識別殺傷入侵病原體，T細胞對自身抗原的耐受是防止自身免疫疾病的重要機制。在T細胞激活過程中，活化性共刺激分子(B7.1，B7.1，和B7h)以及抑制性共刺激分子(CTLA-4，PD-1，B7H3，B7S1等)的多寡決定了T細胞活化或者耐受的命運。當抑制性共刺激分子主導時，T細胞分化成耐受T細胞。研究者利用同時缺失主要共刺激分子B7.1, B7.2和B7h的抗原遞呈細胞將CD4+ T細胞分化成耐受T細胞 。

　　同時，轉錄組聯合表觀組-組蛋白甲基化[H3K4me3 和H3K27me3]分析發現，相對于效應性T細胞亞型(Th1, Th2, Th17)，耐受T細胞展現獨特的基因表達及表觀修飾特征—效應基因表達大量下調，耐受及耗竭相關基因上調； 轉錄啟動子區的H3K4me3修飾水平總體下降。

　　研究人員進一步分析發現核受體家族轉錄因子-NR4A1在耐受T細胞穩定高表達；過表達NR4A1抑制T細胞的增殖以及效應功能，而NR4A1-/ -T細胞效應功能過度活化，免疫耐受調節喪失，并能促發T細胞介導的腸炎。這些體內外實驗表明NR4A1是調控T細胞活化或者免疫耐受的關鍵因子。

　　阻斷T細胞免疫檢查點是腫瘤免疫治療的重要策略。重要的是，在小鼠淋巴瘤模型中，研究者發現腫瘤浸潤的耗竭CD8+ T細胞大量表達NR4A1，而在anti-PD1治療組中，伴隨著腫瘤浸潤T細胞殺傷活力的部分恢復，NR4A1表達水平以及結合在開放染色質的數量顯著下調。進一步的T細胞過繼實驗證明敲除NR4A1賦予CD8+ T細胞更強的效應功能，更好地抵御腫瘤以及病毒的耗竭微環境 的能力。

　　之后，研究人員進一步通過NR4A1 過表達的轉錄組學分析以及ChIP-seq 實驗探究NR4A1調控T細胞功能失常的分子機制。

　　他們發現，在耐受T細胞中，NR4A1的染色質結合位點與調控T細胞活化的關鍵轉錄因子AP-1的位點一致。進一步的EMSA，reporter assay，以及NR4A1 過表達和其缺失細胞中的ChIP-seq實驗證實，NR4A1能夠競爭性結合AP-1在染色質的結合位點，從而阻抑AP-1-調控效應分子的表達。同時，NR4A1 結合位點與染色質超級增強子區域[Super enhancer]組蛋白乙酰化 (H3K27ac)水平正相關：過表達NR4A1增強該區域的H3K27ac水平，進而上調免疫耐受和耗竭相關基因的轉錄；而敲除NR4A1 下調這些位點的H3K27ac (圖)。上述研究鑒定了以NR4A1為核心的轉錄調控T細胞耐受及耗竭新機制。

NR4A1 轉錄調控T細胞功能失常