本病的發病原因至今未明。根據以往數次小流行中，曾有家庭發病情況，臨床上又有許多表現酷似急性感染，提示似有病原體存在。男嬰發病較多，日本發病率高，至今未找到直接致病病原體，感染的說法不能完全確立。在所有病原菌中最受關注的是鏈球菌，但至今從未由患兒體內分離到鏈球菌。也有人提到一種在禽獸間致病的耶爾森（Yersinia）菌中的假結核型株感染似與黏膜皮膚淋巴結綜合征相關，但也無法找到確實的證據。
