高速大容量冷凍離心機因轉子的材料組織疏密不均勻造成轉子質心與幾何形心不一致，轉子運轉時因質量不對稱造成慣性主軸偏離旋轉軸，都會產生不平衡，產生附加力和力矩。高速運轉的轉子相對離心力很大，很小的不平衡質量會產生很大的離心慣性力，這樣會使離心機產生振動，增加動負荷，降低離心機的使用效果，縮短使用壽命，嚴重時會導致離心機損壞。
克服動不平衡的方法：
（1）高速離心時，對于沉淀量大的樣品要先低速除去大顆粒。
（2）不要用密度不同的樣品組成一對對應管。
（3）一對對應管中的樣品重量要相同、體積要相同。
（4）離心管帽要先平衡，不同材質、不同機型的管帽重量不同，不要混用。