高效色譜儀分離方法的選擇原則：
一、根據相對分子質量選擇：
1、相對分子質量很低的樣品采用氣相色譜。
2、液液分配色譜、液固吸附色譜和離子交換色譜最適合分析相對分子質量為 200～2000 的樣品。
3、相對分子質量大于 2000 的樣品，采用凝膠色譜為最優。
二、根據溶解度選擇：
1、溶于水并能離解的樣品，采用離子交換色譜。
2、溶于烴類（如苯或異辛烷等）的樣品，可采用液固吸附色譜。
3、溶于 CCl4 的樣品，多采用液液分配色譜和液固吸附色譜。
4、既溶于水又溶于異丙醇的樣品，常用水和異丙醇的混合液作液液分配色譜的流動相，以疏水性化合物作固定相。
三、根據分子結構選擇：
1、酸、堿化合物采用離子交換色譜。
2、脂肪族和芳香族采用液液分配色譜、液固吸附色譜。
3、異構體采用液固吸附色譜。
4、同系物不同官能團和強氫鍵化合物采用液液分配色譜。