水分析的典型的MF方法是通過使已知體積的水通過孔徑足夠小以消除細菌細胞（通常為0.45μm）的無菌膜過濾器來進行的。然后將過濾器無菌地轉移到瓊脂板的表面或用合適的選擇性培養基飽和的吸收墊。允許在過濾器的表面上發育，并且可以直接計數和檢查。MF方法快速且易于執行，需要很少的孵化器空間，并且可以處理非常大量的水。在過去30年中它們已經成為用于指示生物的水的微生物檢查的首選方法。
雖然微生物水分析的大多數人仍然依賴于傳統的培養方法和MF方法。但獲得結果所需的時間比較長，對于一些特定的微生物我們可以使用一些快速分析法，比如利用定量PCR（QPCR）技術的方法可以快速檢測指示生物如大腸桿菌，和特定病原體，尤其是在MF分析法相結合時是快速有效的手段，但檢測一些沒有活性細胞時數據會偏高