非淋球菌性細菌性關節炎是一種嚴重的疾病。部分患者有關節損傷與功能障礙。預后與多種因素有關,包括感染的長期性、細菌的特性、累及的關節、宿主的抵御能力以及一些治療原則的應用等。但即使得到及時有效的治療,非淋球菌性化膿性關節炎仍比淋球菌性關節炎有更高的并發癥、致殘率及致死率。