1. 肉眼觀察病變
早期的病變處呈黃白色膠凍樣外觀。腦肉芽腫表面可呈結節狀，部分可呈囊狀，透明、黃白色、質堅硬。切面可見纖維交錯，呈灰白色、黃白色，其間可見半透明小囊腔。
2. 鏡下觀察病變
較新的病變主要由大量繁殖的隱球菌及其引起的炎性細胞浸潤構成。浸潤的炎細胞為單核細胞、淋巴細胞及漿細胞。損害顯示膠樣液化，囊腔內有多量隱球菌。較陳舊的病變則表現為肉芽腫形成，主要由單核細胞、上皮樣細胞及多核巨細胞等構成。在受累的大腦、小腦、中腦、延髓、蛛網膜下腔等處，均可有大小不等的肉芽腫形成。可見星狀細胞增生肥大的改變。
3. 病理切片中的新生隱球菌及其變種
一般新生隱球菌呈圓形或橢圓形，直徑2～20 mm，多數聚集成堆，少數分散在組織內。HE染色標本，胞壁外常有3～5 mm的空隙（系菌體膠樣莢膜未著色之故），部分膜亦可染成淡紅色。PAS染色，菌體莢膜均呈紅色。在較新鮮的病灶內，菌體大小不等，小的居多，易見到單芽生的無性繁殖方式。在較陳舊的病灶內，菌體較大，很少見芽生狀態，卻可見一側胞壁塌陷呈碗形或盔形的退變菌體。