目前，感染性疾病的表現呈四項特點：①新的病原體及其所致的機關報的感染疾病患不斷出現。②許多傳統的老病原體出現了臨床新問題，對實驗診斷提出了新的要求。③新老病原體的耐藥性明顯增強，不僅帶來治療上的困難，也向實驗診斷提出了挑戰。④臨床微生物學診斷技術的不斷進步，明顯提高了診斷的敏感性，特異性和及時性。臨床微生物學檢驗面臨的主要任務是：
1 及時、準確的病原菌診斷
1.1 提高送檢標本質量 ①痰標本：由于痰標本絕大多數仍以自然咳痰方式采取，因而易受上呼吸道分泌物污染，因此，確定痰標本的質量非常重要。根據痰涂片鏡檢中的白細胞，鱗狀上皮的量來判定標本是否合格。②膿及分泌物標本，取材不好往往培養出多種細菌，少則2~3種，多則6~7種，實際這些細菌并非引起感染的真正原因，而多是在創面上生長的雜菌，因此一定要采深部分泌物，必要時采取創面和健康部位過渡地段的少量組織進行培養。③中段尿標本：“中段尿”培養結果往往和臨床不符，其原因，一是病人未經消毒，直接留取標本，二是尿液不做細菌計數，而以培養結果為準，因而造成假陽性；三是尿液標本未能及時送到實驗室，尿液中營養物質豐富，使得污染菌大量繁殖，造成細菌菌數假性增高，致使得出錯誤的病原學診斷。
1.2 得高苛養菌的檢出率 引起呼吸道疾病的苛養菌有：流感嗜血桿菌、肺炎鏈球菌、β-溶血性鏈球菌、腦膜炎奈瑟氏菌等。從咽拭子，腦脊液和血液等標本中很難分離出這些苛養菌。因此苛養菌的分離監定，藥敏試驗，不僅是臨床迫切需要，而且是衡量一個細菌室技術水平和人員素質的重要標志。
1.3 厭氧菌培養 由于諸多因素造成開展厭氧菌檢驗不廣泛、不深入。實際上臨床厭氧菌感染范圍廣、感染率高，近年資料表明，肌壞死，腹膜炎等厭氧菌感染率分別高達100%，94%，如果不開展厭氧菌培養，就漏掉了感染的病原菌、延誤治療。
1.4 做好在職人員培訓和再教育 這關系到學科的發展和梯隊建設，并與提高臨床微生物檢驗的質量和水平密切相關，應積極鼓勵青年技術人員掌握本學科的新動向，新知識和新技能，要制訂明確的培養計劃和目標，并定期進行理論和操作技能考試，為進一步與國際拉軌，實行實驗室認證和操作人員資格認定做好準備。
1.5 做好臨床微生物質量控制工作 質量控制是臨床微生物學檢驗的質量保證，我們要從標本質量、檢驗人員的操作質量及實驗所作儀器和試劑質量、結果解釋和報告等入手，堅持不放過每個影響質量的環節。
2 醫院感染的監控
醫院感染的監測包括：病人的準確統計、病原體和耐藥性的精確分析、消毒滅菌的質量控制、危險因素的相關分析，相關病區重點監測，醫院感染爆發流行的及時發現和控制以及病人、醫護人員和環境的消毒隔離。
3 細菌耐藥性監控
與國外相比，我國細菌耐藥監測工作還存在較大差距，一方面，國內此項工作開展不夠普遍；另外有些監測工作還缺乏規范性的連續性，我們不僅要進行各醫院的監測，還要協助有關部門進行地區性監測，甚至全國范圍的監測，進一步與國際接軌和交流，鑒于目前耐藥性的問題。鑒于目前耐藥性的問題日趨嚴重，應準確地做好常規的抗生素敏感試驗，并保存有關的菌種和數據以便進一步分析，包括耐藥趨勢的統計分析、耐藥機制的檢測和研究，重點耐藥菌株如MR-SA、VRE和ESBL等的監測和耐藥基因的檢測等。
4 幫助臨床合理應用抗生素
過去細菌學檢驗工作只注重準確的細菌學報告，不太關心臨床實際的治療效果，注重準確的細菌學結果固然重要，但這不應是我們工作的全部，檢測病原微生物對抗生素的敏感性是臨床微生物實驗室最重要的任務之一。抗生素敏感性檢測的主要目的是預測抗生素的治療效果，并幫助臨床醫生針對某一特定的臨床感染問題選擇最合適的藥物。臨床微生物工作者不僅要求用正確、迅速的手段檢出病原體，而且要給臨床提供可能存在的耐藥機制，幫助臨床合理應用抗生素。
5 臨床（咨詢）服務
目前備受人類重視的難治的耐藥菌有：①耐青霉素肺炎鏈球菌（PRP）；②耐甲氧西林的金黃色葡萄球菌（MRSA）；③耐萬古霉素腸球菌（VRE）；④耐萬古霉素葡萄球菌（VRSA）；⑤耐多種藥物的結核分枝桿菌（MDR-TB）；⑥真菌感染日益增多；⑦產超廣譜β-內酰胺酶的革蘭陰性桿菌（ESBL）；⑧持續高產染色體I型β-內酰胺酶（AmpC）的陰溝腸桿菌、產氣腸桿菌，弗勞地枸櫞酸桿菌；⑨多重耐藥的銅綠假單胞菌，不動桿菌和嗜麥芽窄食單胞菌。微生物學檢測的目的要求我們加強與臨床溝通，協助臨床醫生解決治療感染性疾病的困難。
新世紀臨床微生物學受到重大挑戰之一是出現了許多新病原體及其引起的新傳染病。人們對新傳染病的認識和準備不足，缺乏有效的預防、診斷和治療措施，人群缺乏相應的免疫力，往往造成新傳染病傳播快、范圍廣，傳播途徑多，常造成巨大的經濟損失和社會影響。
用抗菌藥物治療的患者更新世紀臨床微生物學受到的挑戰之二是細菌的耐藥現狀：①由轉移性VanA介導的MRSA對萬古霉素耐藥性的報道令人不安，因為治療此類細菌感染的耐藥物只剩下一些較新的藥物，如：嗎啉惡酮（Imezolid）以及部分新的頭孢菌素。②多重耐藥的革蘭陽性菌-21世紀的MRSA，而更多耐藥的不動桿菌和銅綠假單胞菌比MRSA和VRE更為嚴重。③耐多種藥物的結核分枝桿菌（MDR-TB），MDR-TB是指對兩種或兩種以上的抗結核藥物耐藥的結核分枝桿菌。近10年來，全球結核病形勢急劇惡化，據世界衛生組織估長時期，全球已有20億人受結核菌的感染，現有結核病人約2000萬，結核已成為傳染病的頭號殺手。④念珠菌感染逐年增多，念珠菌感染成了人類又一主要殺手，特別是在引起醫院感染的病原菌中具重要地位，外傷、燒傷、營養不良，器官移植，糖尿病，腎功能衰竭，血液病，粒細胞減少，以及長期大量應用抗菌藥物治療的患者更易出現念球菌感染。念珠菌血癥的患者死亡率在25%~57%（平均為38%），因此，念珠菌感染的早期診斷和及時治療成為一項極為緊迫的任務。