對所有的蛋白，我們推薦用 Nitrocellulose Sandwiches #12369（0.2 μm）的雜交膜去轉膜，尤其是分子量低于 30 KD 的蛋白，建議使用較高濃度（12-15%）的蛋白分離膠并縮短轉膜的時間，建議在 1 小時以內。
大分子量蛋白（> 150 kDa）推薦使用 tris-acetate SDS-PAGE 凝膠系統，而不是傳統的（tris-glycine），以及 5% 的甲醇。因為 tris-acetate 凝膠是在一個中性 pH 的條件下，所以分辨率比較高而且遷移的也更加精準。
低濃度的甲醇可以使轉膜的效率更高（25 mM Tris base，0.2 M glycine，5% methanol）。長時間的轉膜（3 小時，70 伏）也是很有幫助的。對 mTOR 來說長時間的轉膜可能不一定有效，因為 mTOR 是個高表達蛋白，一般來說用常規的 protocol 也可以得到比較好的實驗結果，但是對于 BRCA1，ATM，ATR 等這些大分子量蛋白還是十分有幫助的。