超螺旋有正超螺旋和負超螺旋兩種。
正超螺旋:當盤旋方向與DNA雙螺旋方向相同時的超螺旋結構
負超螺旋:與正超螺旋相反
負超螺旋的存在對于轉錄和復制都是必要的。
與DNA雙螺旋的旋轉方向相同的扭轉稱為正超螺旋;反之稱為負超螺旋。是一種三級構造。