質譜分析法對樣品有一定的要求。進行GC-MS分析的樣品應是有機溶液,水溶液中的有機物一般不能測定,須進行萃取分離變為有機溶液,或采用頂空進樣技術。有些化合物極性太強,在加熱過程中易分解,例如有機酸類化合物,此時可以進行酯化處理,將酸變為酯再進行GC-MS分析,由分析結果可以推測酸的結構。如果樣品不能汽化也不能酯化,那就只能進行LC-MS分析了。進行LC-MS分析的樣品最好是水溶液或甲醇溶液,LC流動相中不應含不揮發鹽。對于極性樣品,一般采用ESI源,對于非極性樣品,采用APCI源。