經過分析器分離的同質量離子可用照相底板、法拉第筒或電子倍增器收集檢測。隨著質譜儀的分辨率和靈敏度等性能的大大提高，只需要微克級甚至納克級的樣品，就能得到一張較滿意的質譜圖，因此對于微量不純的化合物，可以利用氣相色譜或液相色譜（對極性大的化合物）將化合物分離成單一組分，導入質譜計，錄下質譜圖，此時質譜計的作用如同一個檢測器。
由于色譜儀－質譜計聯用后給出的信息量大，該法與計算機聯用，使質譜圖的規格化、背景或柱流失峰的舍棄、元素組成的給出、數據的儲存和計算、多次掃描數據的累加、未知化合物質譜圖的庫檢索，以及打印數據和出圖等工作均可由計算機執行，大大簡化了操作手續。