可從以下幾方面加以診斷：
①流行病學史，多在夏季發病，起病前5～7天，曾在不流動的湖水或溫熱水中游泳；
②有上述中樞神經系統病變的臨床表現；
③CT檢查，腦部顯示有彌漫性密度增高區域，并累及灰質。腦部及腦腳間處的腦池間隙閉塞，大腦半球上部環繞中腦和蛛網膜空間的亞顯微結構均消失；
④腰椎穿刺，顯示顱內壓明顯增高，為2.94～6.37kPa（300～650mmH2O），腦脊液中紅細胞計數增高，多形核白細胞百分率增高，蛋白質增加，糖含量下降。腦脊液鏡檢或體外培養確認為福氏耐格里阿米巴滋養體，才能確診。