蛋白質預測分析資料大全

蛋白質預測分析:物理性質預測：
Compute PI/MW http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/pi-tool.html Peptidemass http://expaxy.hcuge.ch/sprot/peptide-mass.html TGREASE ftp://ftp.virginia.edu/pub/fasta/ SAPS http://ulrec3.unil.ch/software/SAPS_form.html

基于組成的蛋白質識別預測
AACompIdent http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/aacompi.html AACompSim http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/aacsim.html PROPSEARCH http://www.embl-heidelberg.de/prs.html

二級結構和折疊類預測
nnpredict http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredictPredictprotein http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/SOPMA http://www.ibcp.fr/predict.htmlSSPRED http://www.embl-heidelberg.de/sspred/ssprd_info.html

特殊結構或結構預測
COILS http://ulrec3.unil.ch/software/COILS_form.htmlMacStripe http://www.wi.mit.edu/matsudaira/macstripe.html

與核酸序列一樣，蛋白質序列的檢索往往是進行相關分析的第一步，由于數據庫和網絡技校術的發展，蛋白序列的檢索是十分方便，將蛋白質序列數據庫下載到本地檢索和通過國際互聯網進行檢索均是可行的。
由NCBI檢索蛋白質序列
可聯網到：“http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrz/query.fcgi?db=protein”進行檢索。

利用SRS系統從EMBL檢索蛋白質序列
聯網到：http://srs.ebi.ac.uk/”，可利用EMBL的SRS系統進行蛋白質序列的檢索。

通過EMAIL進行序列檢索
當網絡不是很暢通時或并不急于得到較多數量的蛋白質序列時，可采用EMAIL方式進行序列檢索。

蛋白質基本性質分析
蛋白質序列的基本性質分析是蛋白質序列分析的基本方面，一般包括蛋白質的氨基酸組成，分子質量，等電點，親水性，和疏水性、信號肽，跨膜區及結構功能域的分析等到。蛋白質的很多功能特征可直接由分析其序列而獲得。例如，疏水性圖譜可通知來預測跨膜螺旋。同時，也有很多短片段被細胞用來將目的蛋白質向特定細胞器進行轉移的靶標（其中最典型的例子是在羧基端含有KDEL序列特征的蛋白質將被引向內質網。WEB中有很多此類資源用于幫助預測蛋白質的功能。

疏水性分析
位于ExPASy的ProtScale程序（ http://www.expasy.org/cgi-bin/protscale.pl）可被用來計算蛋白質的疏水性圖譜。該網站充許用戶計算蛋白質的50余種不同屬性，并為每一種氨基酸輸出相應的分值。輸入的數據可為蛋白質序列或SWISSPROT數據庫的序列接受號。需要調整的只是計算窗口的大小（n）該參數用于估計每種氨基酸殘基的平均顯示尺度。
進行蛋白質的親/疏水性分析時，也可用一些windows下的軟件如， bioedit,dnamana等。

跨膜區分析
有多種預測跨膜螺旋的方法，最簡單的是直接，觀察以20個氨基酸為單位的疏水性氨基酸殘基的分布區域，但同時還有多種更加復雜的、精確的算法能夠預測跨膜螺旋的具體位置和它們的膜向性。這些技術主要是基于對已知跨膜螺旋的研究而得到的。自然存在的跨膜螺旋Tmbase 數據庫，可通過匿名FTP獲得(http://www.isrec.isb-sib.ch/ftp-server/tmbase)，參見表一
資源名稱 網址 說明
TMPRED http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html 基于對tmpred數據庫的統計分析PHDhtm http://www.embl-heidelberg.de/se ... tprotein.htmlMEMSAT ftp://ftp.biochem.ucl.ac.uk 微機版本
，蛋白質序列含有跨膜區提示它可能作為膜受體起作用，也可能是定位于膜的錨定蛋白或者離子通道蛋白等，從而，含有跨膜區的蛋白質往往和細胞的功能狀態密切相關。http://genome.cbs.dtu.dk/sevices/TMHMM-2.0“或“http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html”

前導肽與蛋白質定位
在生物內，蛋白質的合成場所與功能場所常被一層或多層細胞膜所隔開，這樣就涉及到蛋白質的轉運。合成的蛋白質只有準確地定向運行才能保證生命活動的正常進行。一般來說，蛋白質的定位的信息存在于該蛋白質自身結構中，并通過與膜上特殊的受體相互作用而得以表達。在起始密碼子之后，有一段編碼疏水性氨基酸序列的RN***段，這個氨基酸序列就這個氨基酸序列就是信號肽序列。含有信號肽的蛋白質一般都是分泌到細胞外，可能作為重要的細胞因子起作用，從而具有潛在的應用價值。
http://genome.cbs.dtu.dk/sevices/signalP-2.0

卷曲螺旋分析
另一個能夠直接從序列中預測的功能motif是α-螺旋的卷曲排列方式。在這種結構中，兩種螺旋通過其疏水性界面相互纏在一起形成一個十分穩定的結構。
蛋白質卷曲的相關資源
資源 網址
coiled-coil http://www.york.ac.uk/depts/biol/units/coils/coilcoil.htmlCOILS http://www.ch.embnet.org/software/COILS_form.htmlEpitopeInfo http://epitope-informatics.com/Links.htm

蛋白質功能預測

基于序列同源性分析的蛋白質功能預測
到少有80個氨基酸長度范圍內具有25%以上序列一致性才提示可能的顯著性意義。最快的工具如BlastP能很容易地發現顯著性片段，而無需使用十分耗時的BLITZ軟件。

基于NCBI/BLAST軟件的蛋白序列同源性分析
類似于核酸序列同源性分析，用戶直接將待分析的蛋白質序列輸入NCBI/BLAST(www.ncbi.nlm.gov/blast)，選擇程序BLASTP就可網上分析。
基于WU/BLAST2軟件進行分析
華盛頓大學的BLAST軟件（dove.embl-heidelberg.dl/blast2）也可進行蛋白質序列的同源性分析。

基于motif、結構位點、結構功能域數據庫的蛋白質功能預測
蛋白質的磷酸化與糖基化對蛋白質的功能影響很大，所以對其的分析也是生物信息學的一個部分。
同時，分子進化方面的研究表明，蛋白質的不同區域具有不同的進化速率，一些氨基酸必須在進化過程中足夠保守以實現蛋白質的功能。在序列模式的鑒定方面有兩類技術，第一類是依賴于和一致性序列（consensus sequence）或基序各殘基的匹配模式，該技術可用于十分容易并快速搜索motif數據庫。

Motif數據庫-PROSITE
最好的是PROSITE（www.expasy.org/prosite）

蛋白質序列的(profile)分析
www.isrec.isb-sib.ch/software/PFSCAN_form.html

InterProScan綜合分析網站
InterProScan是EBI 開發的一個集成了蛋白質結構域和功能位點的數據庫，其中把SWISS-PROT,TrEMBL.PROTSITE.PRINTS.PFAM.ProDom等數據庫提供的蛋白質序列中的各種局域模式，如結構域，motif等信息統一起來，提供了一個較為全央的分析工具。
www.ebi.ac.uk/interpro/scan.html

蛋白質的結構功能域分析
簡單模塊構架搜索工具（simple modular architecture research tool,SMART）一個較好的蛋白質結構功能域的數據，可用于蛋白質結構功能域的分析，所得到的結構域同時提供相關的資源的鏈接http://smart.embl-heidelberg.de/
蛋白質結構預測

PDB數據庫
蛋白質基本立體結構數據庫(PDB, www.rcsb.org)其中有大量工具用于查看PDB數據庫中的結構，如rasmol，可用于顯于出蛋白質的空間結構，下載地址：www.umass.edu/microbio/rasmol）

PDBFinder 數據庫
是在PDB、DSSP、HSSP基礎上建立的二級庫，它包含PDB序列，作者，R因子，分辨率、二級結構等，這些些信息隨著PDB庫每次發布新版，PDBFinder在EBI自動生成，網址為“www.sander.embl-heideberg.de/pdbfinder/ ftp://swift.embl-heidelberg.de/pdbfinder.

NRL-3D數據庫
是所有已知結構蛋白質的數據庫，可用于查詢蛋白序列時行相似性分析以確定其結構，www.gdb.org/Dan/protein/nrl3d.html

ISSD數據庫
蛋白質序列數據庫，其每個條目包含一個基因的編碼序列，同相應的氨基酸序列對比，并給出相應的多肽鏈結構數據。www.protein.bio.msu.su/issd

HSSP數據庫
是根據同源性導出的蛋白質二級結構數據庫，每一條PDB項目都有一個對應的HSSP文件，www.sander.embl-heidelberg.de/hssp

蛋白質結構分類數據庫

對已知蛋白質三維結構進行手工分類得到的數據庫，位于劍橋的站點也提供BLAST檢索服務 http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/
MMDB蛋白質分子模型數據庫
是ENTREZ檢索工具所使用的三維結構數據庫，以ASN格式反蚋的PDB中的結構和序列數據。NCBI同時提供一個配套的三維結構顯示程序的Cn3D,www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/

Dali/FSSP數據庫
基于PDB數據庫中現有的蛋白質三維結構，用自動結構對比程序Dali比較而形成的折疊單元和家庭分類庫。www.embl-ebi.ac.uk/dali

蛋白質二級結構預測

基于序列進行蛋白質二級結構方面已有了大量文獻描述，本質上，這些研究可被分為兩大類：基于單一序列的分析和基于多重序列對齊的分析。
文獻報道PHD程序是目前此方面的最好程序，提供了從二級結構到折疊方面分析的多種資源。其網址為www.embl-heidel-berg.de/predictprotein/predictprotein.html,也可通過email:predictprotein@embl-heidelberg.de進行數據分析。

蛋白質三級結構預測
蛋白質同源家庭的分析對于確立物種之間的親緣關系和預測新蛋白質序列的功能 有重要意義，同源蛋白質（homolog）進一步劃分為直系同源（ortholog）和旁系同源（paralog）,
前者指不同物種中具有相同功能和共同起源的基因，后者則指在同一物種內具有不同功能，但也有共同起源的基因，例如同是起源于珠蛋白的α珠蛋白、β珠蛋白和肌紅蛋白。

蛋白質分類數據庫（ProtoMap）
是對SWISS-PROT數據庫中的全部蛋白質由計算機自動時行層次分類，把相關者聚集分極所得到的數據庫。www.proteinmap.cs.huji.ac.il

蛋白質序列多重對齊分析及進化分析
如果發現一個未知蛋白質序列和較多不同和種屬或同一種屬的蛋白質序列具有較高的同源性（大于30%）那么提示待分析的蛋白質序列可能是相應家族的成員，從而可從分子時化的角度對蛋白質序列進行綜合分析。