支氣管肺炎是流行性斑疹傷寒的常見并發癥，其他尚有中耳炎、腮腺炎、心內膜炎、腦膜腦炎等，偶見趾、指、陰囊、耳垂、鼻尖等壞死或壞疽，以及走馬疽，胃腸道出血、胸膜炎、流產、急性腎炎等。輕型病例和復發型斑疹傷寒很少有并發癥。
