【原理】
逆轉錄-聚合酶鏈反應(ReverseTranscription-PolymeraseChainReaction,RT-PCR)的原理是:提取組織或細胞中的總RNA,以其中的mRNA作為模板,采用Oligo(dT)或隨機引物利用逆轉錄酶反轉錄成cDNA。再以cDNA為模板進行PCR擴增,而獲得目的基因或檢測基因表達。RT-PCR使RNA檢測的靈敏性提高了幾個數量級,使一些極為微量RNA樣品分析成為可能。該技術主要用于:分析基因的轉錄產物、獲取目的基因、合成cDNA探針、構建RNA高效轉錄系統。
【試劑與器材】
1.上游引物:5'-CTGGTGGACAACATCGCTCTG-3'
2.下游引物:5'-GGTCTGCTGACCTCACTTGTG-3'
3.OligdT150.1μmol/L
4.TRIzol試劑
5.M-MLV。
6.dNTP2.5mmol/L分別取等體積的10mol/L的dATP,dGTP,dTTP,dCTP四種混合即成
7.TaqDNA聚合酶(國產或進口):濃度為5U/μl,50μl反應液中加1U。
8.消毒三蒸水
9.6×載樣buffer0.25%二甲苯青FF,0.25%溴酚藍,30%甘油
10.50×TAE電泳Buffer12.2gTris,2.85ml冰醋酸,10ml0.25mol/LEDTA(pH8.0),加水至50ml。
11.溴化乙錠(EB)溶液10mg/ml(避光保存),每100ml瓊脂糖凝膠加5μl貯存液,即凝膠中EB終濃度為0.5μg/ml,此試劑為強致癌物,要戴手套操作,避免污染環境。
12.DNAMarker
13.各種國產或進口移液器(10,20,100μl)
14.消毒的0.2mlPCR管,10μl,100μltips
15.離心機
16.PCR儀
17.水平電泳槽和電泳儀
18.紫外分析儀
【操作步驟】
1.總RNA的提取
將細胞以4.0×108/L密度接種于用12孔培養板中,每孔3mL,37℃、5%CO2孵箱中培養至細胞貼壁,加入長春新堿,使之終濃度分別為0、10、100μg/mL。繼續培養過夜。按Trizol試劑盒說明,在預期時間加入1mLTrizol試劑,置室溫5min,吸至1.5mL經DEPC水處理過的EP管中,置室溫5min,加氯仿0.2mL,振搖50s,置室溫5min,分層。4℃,11000×g離心15min。仔細取上層水相,移至另一EP管中,加0.5mL異丙醇,混勻。置室溫10min,4℃11000×g離心10min,用DEPC處理的75%乙醇洗滌沉淀(RNA),4℃,7200×g離心5min,棄上清真空干燥后,沉淀溶解于20μL無RNase的水中,樣品保存于-20℃備用。RNA樣品用紫外分光光度儀測定A260和A280,計算含量。
2.逆轉錄
按下列步驟進行逆轉錄,合成cDNA第一鏈?總RNA5μL(2μg),
95℃,3min;加oligo(dT)2μL,70℃,5min,冰浴5min,離心?加5×M-MLVbuffer5μL?dNTP(每一種濃度為2.5mmol/L)5μL?M-MLV(200u/μL)1μL?
40U/μLRNase1μL?DEPC處理水6μL,總體積25μL,瞬間離心,混勻,
42℃水浴60min?合成的cDNA于4℃或-20℃保存備用?
3.PCR
取0.2mlPCR管,按下表操作:
|
試劑 |
加入量 |
最終濃度(或含量) |
|
cDNA |
2μl |
|
|
10×buffer |
5μl |
1×buffer |
|
10×MgCl2 |
5μl |
2.5mmol/L |
|
dNTP |
4μl |
|
|
上游引物 |
5μl(5μmol/L) |
25pmol |
|
下游引物 |
5μl(5μmol/L) |
25pmol |
|
TaqDNA聚合酶 |
0.2μl(5U/μl) |
1U |
|
消毒三蒸水 |
24μl |
|
|
總體積 |
50μl |
用手指彈管壁混勻 ,稍離心,蓋蓋,編號。于PCR儀上進行PCR反應。PCRPCR反應參數為:熱啟動94℃,3min;94℃,30s,50℃,30s,72℃,50s,30個循環;72℃,3min。反應完成后,取10μL樣品在0.8%的瓊脂糖凝膠電泳,在紫外燈下觀察,成像。
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