較為理想的熔解曲線是單峰曲線，如出現多峰有以下原因：
1）非特異性擴增：主要原因為引物特異性不好、Tm值較低或模板質量不高，可以根據設計原則設計新引物或者通過梯度 PCR 對引物退火溫度（Tm值）進行優化，上調Tm值，選購質量較好的離心柱法核酸提取試劑，提高核酸提取質量，等等。
2）引物二聚體 可通過瓊脂糖凝膠電泳確認引物二聚體。引物二聚體在凝膠的底部形成擴散條帶，通常位于100 bp以下。引物二聚體在熔解曲線內峰值一般位于75℃左右，如該峰顯著請按照以下方面進行優化：
A.優化擴增條件，如提高退火溫度，可利用梯度PCR，摸索最佳的Tm值。通常兩步循環(由 95℃變性步驟直接進入 60℃退火和延伸步驟) 有利于強效擴增，因此引物設計時設定的成功退火溫度為 60℃。
B.引物濃度太高，適當降低引物濃度。通常引物的Tm低于目的基因，熔解曲線上峰值在目的基因峰的左邊。大多數情況下，每條引物的理想最終濃度為200 nM，但如有需要，可將濃度降至60nM。
C.cDNA模板帶有基因組DNA污染：重新制備cDNA模板。在RNA提取完成后加入DNase對RNA進行處理，然后逆轉錄為cDNA。
如果排除以上原因還是出現熔解曲線多峰的情況，就要考慮及時更換試劑盒，避免耽誤實驗進度。