熒光標記的染色體原位雜交技術提供了一種快速而有效的手段，將DNA片斷和特定的真核生物細胞的染色體區帶聯系了起來，并將這些DNA片斷排序，這是研究
DNA順序在染色體上位置的最直接的方法。最早，人們根據Gall和Pardue在1969年的工作，于70年代，建立起了同位素原位雜交技術，但當時只
是用于DNA順序在多線染色體上的定位或是重復順序在中期染色體上的定位。1981年，Gerhard和Harper等首先證明有可能將從個體基因中得到
的單拷貝順序（SCP，single copy
probe）通過同位素原位雜交技術定位到中期染色體上。在此基礎上，80年代初起，熒光標記的原位雜交技術開始起步并得到運用且不斷地發展。
1. FISH技術簡介
FISH技術包括下列幾個步驟：a.探針的準備和標記；b.探針和染色體的雜交；c.信號檢測；d.雜交信號與分帶染色體的比較
1.1 探針的準備
探針的標記有兩種。直接標記是將熒光分子直接滲入到探針分子中，以前這種方法用的不多，由于有北京少的優點，近來在一些公司的試劑盒中得到應用。
常用的間接法是將一些類似于半抗原（hapten）的標記分子滲入探針分子中，用的較多的試劑有生物素，地高辛（digoxigenin），二硝基苯（dinitrophenyl，DNP），汞和磺酸鹽（sulfonate）。
就摻入方式來說，生物素，地高辛等是以核苷酸衍生物的形式摻入的，可用切口平移法來進行的，現在更多的人開始用隨機引物法，用這兩種方法標記好的探針大小在
200-500bp范圍內，是用于雜交的最佳大小。另外，也可以在已知順序的兩個引物之間用PCR法來擴增，或從合適的載體上通過RNA轉錄而來。
1.2探針和染色體的雜交
最佳雜交條件取決于探針和目標的性質。已標記好的變性的探針（200－500bp）與變性的染色體在含有甲酸胺，鹽和硫酸葡萄聚糖的雜交緩沖液中雜交過夜接著是柔和的洗滌，以去除未雜交或錯配對的探針。