鑒別診斷
原發性腦干損傷往往與腦挫裂傷或顱內出血同時伴發，臨床癥狀相互參錯，難以辨明孰輕孰重、何者為主，特別是就診較遲的病人更難區別是原發性損傷還是繼發性損害。
原發性腦干損傷與繼發性腦干損傷的區別在于癥狀，體征出現的早晚。繼發性腦干損傷的癥狀、體征皆在傷后逐漸產生。顱內壓持續監護亦可鑒別：原發性顱內壓不高，而繼發性則明顯升高。同時，CT和MRI也是鑒別診斷的有效手段。
在顯示腦實質內小出血灶或挫裂傷方面，尤其是對胼胝體和腦干的細微損害，MRI明顯優于CT。腦干聽覺誘發電位可以較準確地反映腦干損傷的平面及程度。通常在聽覺通路病灶以下的各波正常，病灶水平及其上的各波則顯示異常或消失，顱內壓監護連續測壓亦有鑒別原發性或繼發性腦干損傷的作用，雖然二者臨床表現相同，但原發者顱內壓正常，而繼發者明顯升高。
治療
昏迷時程較長的重度原發腦干傷，要盡早行氣管切開、呼吸機輔助呼吸及亞低溫治療。對于輕度腦干損傷的病人，可按腦挫裂傷治療，部分患者可獲得良好療效，而對于重者，其死亡率很高，所以救治工作應仔細認真，要有長期的打算，且護理工作顯得尤為重要，同時，密切注意防治各種并發癥。
1.保護中樞神經系統，酌情采用冬眠療法，降低腦代謝；積極抗腦水腫；使用激素及神經營養藥物。
2.全身支持療法，維持營養，預防和糾正水，電解質紊亂。
3.積極預防和處理并發癥，最常見的是肺部感染、尿路感染和褥瘡。加強護理，嚴密觀察，早期發現，及時治療，對于意識障礙嚴重、呼吸功能紊亂的病人，早期實施氣管切開至為必要，但氣管切開后應加強護理，減少感染機會
4.對于繼發性腦干損傷應盡早明確診斷，及時去除病因。若拖延過久，則療效不佳。
5.恢復期應著重于腦干功能的改善，可用蘇醒藥物，高壓氧艙治療，增強機體抵抗力和防治并發癥。