1. 生化反應可采用山梨醇發酵試驗、葡萄糖醛酸酶試驗、棉子糖發酵試驗、衛矛醇發酵試驗、鳥氨酸和賴氨酸試驗進行初篩，然后用O157H7抗血清玻片凝集試驗進行鑒定。
2.血清學反應主要是檢查腸出血性大腸桿菌菌體抗原O157和鞭毛抗原H7。包括試管凝集、玻片凝集和針對O157抗原而發展起來的一些其他方法。
但用生化反應和血清學反應均不能診斷非O157血清型的腸出血性大腸桿菌。
3. DNA探針技術已根據腸出血性大腸桿菌的質粒和其致病性有關的假設，發展了特異性的DNA探針。該探針已被國際公認，并在世界上多數實驗室試用，其特異性和敏感性均可達99%以上，成為鑒定腸出血性大腸桿菌菌株的關鍵指標。但由于該方法對技術要求較高，主要用于臨床研究或流行病學調查。
4. PCR技術用于對腸出血性大腸桿菌的DNA序列進行分析。該方法特異、敏感、快速，可在3-4個小時內出結果。
5. 毒素檢測由于腸出血性大腸桿菌可產生志賀樣毒素，其中23%糞便中存在可中和的志賀氏樣毒素（SLT-I或Ⅱ）。因而又發展了檢測患者糞便中的志賀樣毒素和血液中志賀樣毒素抗體的方法。但這種方法需要細胞培養技術和條件，費時、費力、特異性不高，因而一般不采用該方法。