目前認為肝炎病毒尤其是乙型肝炎病毒感染后，其肝細胞損害和肝外病變是機體對病毒的免疫反應造成的，免疫反應包括抗病毒免疫和對肝細胞的自身免疫，前者是指對病毒抗原的細胞免疫和體液免疫，后者是因T細胞和B細胞間功能協調紊亂而產生的針對自身靶抗原的免疫反應。
1、細胞免疫缺損
細胞免疫缺損是病毒抗原持續存在，并在宿主細胞內反復復制和繁殖，導致慢性病毒感染的因素，臨床實踐已證實，殺傷性T細胞與已受乙型肝炎病毒感染的肝細胞表面HBsAg的免疫反應，不但可破壞肝細胞，而且能激發自身免疫反應，使慢性活動性肝炎病人的肝細胞反復破壞，目前大多數學者認為，慢性活動性肝炎的肝細胞損傷與淋巴細胞毒作用有密切關系，它是由于致敏淋巴細胞對肝細胞表面的HBsAg或肝特異脂蛋白（LSP）的免疫反應所造成的，這種免疫病理反應也可能是針對正常肝細胞膜抗原，而不是針對乙型肝炎病毒感染的肝細胞，部分HBsAg陰性病人細胞毒反應陽性，T細胞亞群不平衡和抑制性T細胞功能下降，是HBsAg陰性自身免疫性慢性活動性肝炎形成的主要原因。
2、體液免疫因素Alberti
1977年發現時只有1/3HBsAg陽性的病人，T細胞對包裹有HBsAg的靶細胞有細胞毒作用，而且細胞毒指數明顯低于急性肝炎，這說明慢性活動性肝炎的發病機制并不是以一種細胞免疫所能解釋的，它還涉及到體液免疫和其他因素，體液免疫的致病作用主要是與乙型肝炎病毒相關的幾種抗原-抗體復合物，即與HBsAg-抗HBS，HBeAg-抗HBE及HBcAg-抗HBC三大抗原-抗體系統有關，還與其他自身抗原-抗體免疫復合物的炎癥反應有關。
乙型肝炎病毒感染后體內形成的免疫復合物，就其存在部位的不同，可分為細胞內和細胞外兩種，前者抗原多數為該種病毒及其相關抗原，大多存在于血循環中（即CIC），后者抗原多為HBsAg，HBcAg或LSP，位于細胞膜表面，也可位于細胞質內和細胞核內，各種性質的CIC形成后，其命運主要取決于復合物的大小，大顆粒的CIC不論結合補體與否，最終均被肝臟庫普弗細胞所吞噬，但小顆粒CIC不易被吞噬清除，其中19SCIC還可穿過通透性增加的血管內膜沉積到血管基膜上，通過補體介導而損傷組織，肝細胞內的HBsAg，HBcAg和細胞膜LSP等復合物，不僅可通過結合補體溶解細胞，而且可通過抗體依賴細胞介導的細胞毒作用而導致肝細胞損害，現把慢性活動性肝炎出現的各種免疫復合物引起組織損傷的機制列表簡要總結如下（表1）：
3、免疫調節和遺傳因素
Eddleston的免疫調節學說日益受到重視，該學說強調T細胞和B細胞的協調作用，把細胞免疫，體液免疫及對病毒抗原和自身免疫抗原的免疫反應有機地統一起來，其中T細胞和B細胞數量以及其間功能協調紊亂，是產生自身免疫反應的重要基礎，此外，宿主血清中尚有E-玫瑰花抑制因子（RIF），肝浸出液（LEX）和低密度脂蛋白等具有分子免疫調節作用的物質，RIF是由肝細胞合成釋放的，在免疫調節系統中起反饋調節作用，它的存在與肝炎慢性化密切相關，LEX由肝細胞損傷后釋出，能夠抑制淋巴細胞對PHA和同種基因細胞的刺激反應及DNA的合成，因此認為LEX有抑制宿主效應淋巴細胞的細胞毒作用，低密度脂蛋白的存在也影響慢性活動肝炎的發生，這是因為它可影響抑制性T細胞功能，抑制性T細胞（Ts細胞）對它的敏感性要比TH細胞高9倍，這些分子調節因素必須通過細胞免疫調節而發揮作用，因此，細胞免疫調節所起的作用更為重要，宿主體內有抑制性巨噬細胞，抑制性B細胞及抑制性T細胞，它們不僅能與分子免疫調節間相互制約，并且可通過抑制細胞本身所分泌的抑制因子而擴大免疫調節效應，因此，在肝細胞損傷過程中，兩者可相互影響，抑制性T細胞功能低下除了與病毒抗原持續存在和免疫失調有關外，還與遺傳因素有關，在遺傳免疫研究過程中發現，T細胞上有一種結構，不受控于Ig基因，而受控于人類第6號染色體上的HLA-D位點，這可能與T細胞上有特異性抗原受體有關，現已發現多種自身免疫病與HLA上的等位基因有關，慢性活動性肝炎中HLA-AT和B8的發生率明顯增高，現已證實，不論HBsAg陰性還是陽性的慢性活動性肝炎，其HLA-B8的頻率均很高，尤其是HBsAg陰性的慢性活動性肝炎，HLA-B8頻率更高，器官特異性自身免疫病都屬B8關聯病，近年來，國外陸續報道，在白種人中發現慢性活動性肝炎與HLA相關的抗原有A1，B8，DW3和DRW3等；日本人則以A1，B13，BW22及單倍型A9，BW35等與慢性活動性肝炎相關，上述結果表明，不同人種與慢性活動性肝炎相關的HLA-A，B抗原不盡相同，這說明HLA-A，B抗原本身不完全是造成慢性活動性肝炎的直接原因。
總之，造成慢性活動性肝炎組織損害等一系列免疫病理反應的過程可能是：
①T，B細胞功能紊亂。
②效應細胞的細胞毒作用。
③乙型肝炎病毒免疫復合物引起的損傷。
④自身抗原的存在，其中LSP是主要的靶抗原，
⑤分子和細胞免疫調節系統的參與，⑥在不同程度上與某些HLA抗原遺傳基因相關。
4、藥物性慢性活動性肝炎
可能與藥物過敏或中毒有關，國外報道用酚酞類導瀉藥物能引起本病；停藥后則好轉，再用藥又復發，另外也有人報道異煙肼，甲基多巴等可致本病，但在我國由藥物引起本病者很少見。
5、病理
（1）肝組織改變：以小葉周圍變化為主，具有門脈周圍性肝炎的特征。
①活動期：肝細胞有明顯變性，腫脹，蠶噬狀壞死，呈小片狀分布，亦稱“碎片狀壞死”，嚴重時可出現亞大塊壞死，并伴有明顯“淤膽”，小葉周圍殘存的肝細胞常呈腺樣排列，被纖細的纖維所隔離或包繞，使肝小葉結構破壞，網狀纖維支架塌陷，匯管區有炎癥細胞浸潤，常伴有小膽管增生和纖維組織增生，有黃疸者常伴有明顯“淤膽”，匯管區炎癥逐漸擴大，最后肝小葉的限板也遭到破壞。
②靜止期：肝細胞變性，壞死減輕，但限板破壞仍存在，肝細胞再生明顯，有假小葉形成，匯管區及壞死灶內網狀纖維及膠原纖維增多，并向肝實質內發展，形成橋形或星形纖維化，匯管區內有炎癥細胞浸潤，小膽管增生仍明顯，并有成堆分布的多核巨細胞，呈肉芽腫樣改變，故部分病例最后可演變成肝硬化。
（2）肝外組織改變：本病除肝組織改變外，還可侵犯機體多個器官系統。
①腎臟：本病病人的腎臟可呈腎小球腎炎改變，尤以膜性腎小球腎炎為多見。
②血管：近年來已肯定HBsAg陽性的慢性活動性肝炎可伴有結節性多動脈炎，病理檢查可見小動脈壁上類纖維蛋白壞死及血管周圍炎，免疫熒光檢查可見血管壁上有不同程度的HBsAg，IgM，IgG及C3沉積，因而提出免疫復合物可能是血管損傷的原因。
③關節和皮膚：部分病人可發生關節炎，其中有些病人血清中可出現冷沉淀物，含有C3～C5，IgG，IgM免疫復合物，有的病人可出現關節滑膜炎，但炎性細胞很少，電鏡檢查發現滑膜細胞內有4×10-9mm～6×10-9mm的顆粒，皮損的病理改變為非特異性炎癥，這也是由免疫復合物所造成的。
④淋巴結及脾臟：在顯微鏡下可以見到淋巴結和脾生發中心活躍，脾小動脈壁發生透明變性，免疫熒光證明上述組織中有HBsAg沉積，還伴有IgG，IgM，偶有病毒，免疫球蛋白，補體形成的免疫復合物。