肛周膿腫是肛瘺的主要原因，約70%～80%的肛瘺繼發于肛腺一般化膿性感染所引起的肛周膿腫，膿腫破潰后不愈而形成瘺道，因此可認為肛瘺是肛周膿腫的慢性期。但并非所有的肛周膿腫引流后都形成肛瘺，只有在炎癥較重、深部膿腫或膿腫引流不暢、患者有糖尿病及肥胖者，才容易形成肛瘺。
少數肛瘺是由全身疾病或特異性感染所致，如結核病，克羅恩病、潰瘍性結腸炎、化膿性汗腺炎、HIV/AIDS、放線菌病、白血病及腹腔或盆腔腫瘤等。在克羅恩病中肛瘺的發生率是10%～20%，如果克羅恩病累及大腸，肛瘺的發生率可高達40%～50%。肛管直腸的外傷性感染，也可形成肛瘺。