根據患者病情給予個體化、綜合化的治療。原則上應盡早控制疾病的癥狀，促進緩解，維持治療，防止復發，防治并發癥和掌握手術治療的時機。
1.一般療法
注意休息，防止過勞。進食高營養、易消化食物、低脂、低渣食物。重癥患者或伴有巨結腸、腸瘺等并發癥的患者給予全腸外營養。
2.藥物治療
（1）氨基水楊酸類 ①柳氮磺吡啶（SASP）：適用于輕、中度UC，間歇期以防復發。用量在醫生指導下服用。在使用時應注意兩點，磺胺過敏者禁用，連續使用三個月查肝腎功能。②美沙拉嗪：是SASP中的活性成分5-氨基水楊酸（5-ASA），副作用相對較低。③奧沙拉嗪：是兩分子的5-ASA偶合而成，療效與SASP相似，但副作用要低。
（2）糖皮質類激素 常用藥物有強的松、強的松龍，為抑制潰瘍性結腸炎急性活動期炎癥的有效的藥物之一。
3.手術治療
大出血者、存在穿孔或即將穿孔者、中毒性結腸炎出現持續性或進行性加重時，應緊急手術處理。
當強化的藥物治療方案已經不能完全控制癥狀，或長期依賴激素和硫唑嘌呤，或有癌變高危因素，也是手術的指征。