核酸酶和連接酶：核酸酶是能夠切割DNA鏈的酶，因為它們催化磷酸二酯鍵的水解。從位于DNA鏈末端的核苷酸開始水解DNA的核酸酶稱為核酸外切酶。另一方面，直接切入DNA鏈的那些是內切核酸酶。分子生物學中使用最廣泛的核酸酶，稱為限制性內切酶，以切割特定序列的DNA。在自然界中，這種酶通過在進入細菌細胞時消化噬菌體DNA來保護細菌免受噬菌體感染。通常，限制性核酸酶識別特定的回文核苷酸序列，稱為限制性位點。這些酶廣泛用于涉及在載體內亞克隆DNA的技術中。
DNA連接酶：是能夠使用來自ATP或NAD的化學能將先前切割或斷裂的DNA鏈聚集在一起的酶。連接酶在DNA滯后鏈復制中特別重要，因為它們將岡崎碎片組合成DNA鏈。連接酶在DNA修復和基因重組中也發揮重要作用。
拓撲異構酶和解旋酶： 拓撲異構酶是具有活性核酸酶和連接酶的酶。這些酶能夠改變DNA的拓撲特性。它們中的一些通過切割DNA螺旋并允許其旋轉，降低其超螺旋程度，然后通過連接酶將兩端連接。另一方面，其它拓撲異構酶能夠在連接斷裂的DNA鏈之前，切斷螺旋，并允許第二個螺旋通過斷裂部位。拓撲異構酶是許多涉及DNA的過程所必需的，例如DNA復制和轉錄。解旋酶是能夠利用核苷三磷酸中存在的化學能的蛋白質，尤其是ATP，以破壞核堿基之間形成的氫鍵，從而允許DNA的雙螺旋打開成單鏈。
聚合酶：聚合酶是從核苷三磷酸合成多核苷酸鏈的酶。它們通過向鏈上存在的先前核苷酸的3'-OH添加核苷酸起作用。因此，所有聚合酶都以5' -3'方向起作用。DNA復制需要DNA依賴的DNA聚合酶，實現DNA序列的完美拷貝。有些DNA聚合酶具有校對功能，能夠檢測含氮堿基之間的錯配錯誤并激活3'或5'外切核酸酶作用以去除不正確的堿基。 在大多數生物體中，DNA聚合酶在稱為replisoma的較大蛋白質復合物中起作用，該復合體由許多酶例如解旋酶組成 [20] 。 RNA依賴的DNA聚合酶是使用RNA片段作為模板合成DNA的特殊類聚合酶，包括逆轉錄酶（一種參與逆轉錄病毒感染的病毒酶）和端粒酶（它是端粒復制所必需的）。 與DNA依賴性DNA聚合酶一樣，這些RNA依賴的DNA聚合酶也在由輔助分子和調節分子組成的廣泛蛋白質復合物中起作用。