肌肉型（MM）、腦型（BB）、雜化型（MB）和線粒體型（MiMi）。MM型主要存在于各種肌肉細胞中，BB型主要存在于腦細胞中，MB型主要存在于心肌細胞中，MiMi型主要存在于心肌和骨骼肌線粒體中。肌肉型肌酸激酶分子是由兩個相同的亞基組成的二聚體。根據已經測定的兔、人、雞、鼠肌酸激酶的一級結構，M型亞基由387個氨基酸殘基組成，分子量為43kDa左右，分子內有8個巰基，但無二硫鍵。大熊貓肌肉型肌酸激酶也是二聚體酶，每個亞基由376個氨基酸殘基組成，分子量為42 KDa。
