在實驗中，可能遇到三種來源的故障，一種是源于試樣材料的性質；另一種源于流動注射分析設備性能不佳；第三種是源于化學過程的設計欠妥。
在把試樣注入到流動注射分析體系之前，有時可能需要進行某種前處理，如稀釋、中和、過濾等，即使是高濃度、高酸（堿）度或高粘度的試樣，也可以通過把數微升試樣注入到匯合式流路中直接進行稀釋。如果一開始就有懸浮固體，過濾當然是不可避免的，但是分析過程中也可能形成沉淀，固體顆粒不僅可能堵塞管路，也同樣可能對傳感器產生干擾，尤其是在光學體系中。通常可以經過濾或離心來保證試樣的清潔，但防止由于化學反應而產生的固體顆粒就更要困難些，然而可以通過加入適當的的表面活性劑雙洗滌劑來防止生成沉淀物。