注射用阿糖腺苷用于單皰疹性腦炎、新生兒單皰疹感染(如皮膚粘膜感染、局限性中樞神經系統感染和播散性單皰疹感染)和帶狀皰疹。也用于免疫功能缺陷者的水痘病毒感染、嬰兒先天性巨細胞病毒感染和免疫缺陷者巨細胞病毒感染。局部用藥用于單純皰疹病毒性角膜炎，偶用于牛痘病毒性角膜炎。
注射用阿糖腺苷用于治療單純皰疹腦炎，可降低病死率，減少后遺癥。治療新生兒單純皰疹感染、皮疹常于 2日內得到控制、早期用藥則預后較良好，但目前注射用阿糖腺苷已為毒性較低的阿昔洛韋所取代。局部用藥可治療皰疹性角膜炎。也有報道以 Ara-A多周期間歇應用治療慢性乙型肝炎，或與皮質激素合用，或與干擾素聯合可望提高療效。