體積很小的粘液瘤可以沒有癥狀。腫瘤長大后即可呈現血流動力學改變全身表現和周圍血管栓塞三類癥狀。左心房粘液瘤最常見的臨床癥狀是由于房室瓣血流受阻引起心悸、氣急等，與風濕性二尖瓣病變相類似。體格檢查在心尖區可聽到舒張期或收縮期雜音，肺動脈瓣區第二音增強。瘤體活動度較大的病例，在病人變動靜脈怒張，雜音的響度和性質可隨之改變。右心房粘液瘤造成三尖瓣瓣口阻塞時可呈現頸靜脈怒張，肝腫大、腹水、下肢水腫等與三尖瓣狹窄或縮窄性心包炎相類似的癥狀。體格檢查在胸骨左緣第4、5肋間可聽到舒張期雜音。
移動度較大的粘液瘤如突然阻塞房室瓣瓣孔，病人可發作昏厥，抽搐，甚或引致猝死。
液瘤病例尚可呈現反復發熱、食欲不振、體重減輕、關節痛、貧血等全身表現，有紅細胞沉降率增快、血清球蛋白增高。這些癥狀的產生機制尚不明確，可能是機體對腫瘤的免疫反應。少數粘液瘤病例最早的臨床表現是周圍動脈栓塞，摘除栓子經病理切片檢查才明確診斷。
左心房粘液瘤在胸部X線檢查常顯示左心房、右心室增大，肺部瘀血等與二尖瓣病變相變的征象。心電圖表現亦與二尖瓣病變相似，但粘液瘤病例很少出現心房顫動。左心房粘液瘤的臨床診斷易與風濕性二尖瓣病變相混淆。