不同的別構酶，具體變構方式可有所不同。有的別構酶，其催化亞基不必與調節亞基分離，即可呈現活性；而另一些別構酶，其催化亞基須與調節亞基分離，方顯活性。
別構酶由一個以上亞基構成，所以是寡聚酶。這種寡聚酶如上述A激酶，由催化亞基與調節亞基組成。催化亞基具有與作用物的結合位點，而調節亞基具有與變構劑非共價結合的特定位點。但個別別構酶，如依賴cGMP的蛋白激酶，其催化部位與調節部位處于同一亞基。不少別構酶的作用物即是其活化的變構劑。例如，乙酰CoA是乙酰CoA羧化酶的活化變構劑。 反之，反應產物或代謝終末階段產物，常是別構酶的變構抑制劑。例如，6磷酸葡萄糖可變構抑制己糖激酶，葡萄糖可反饋抑制糖原磷酸化酶等。
別構酶所催化的反應，其反應動力學不符合米-曼二氏方程式，低濃度的作用物即對反應速度有很大影響。體內的代謝物（作用物）濃度一般較低，即使如此，其濃度稍有變化，即可能對反應速度產生很大影響。達到最大反應速度一半時的作用物濃度，在別構酶不稱為Km，而改稱K0.5s 。