ASPCR的發展，主要是圍繞提高3’末端堿基錯配分辨率來進行的。為了提高ASPCR對末端堿基錯配的分辨力，人們嘗試了許多方法。比如：改換另一條鏈進行分析以規避這些錯配延伸率高的堿基組合；把控制PCR反應的關鍵成分稀釋到接近極限的濃度；在檢測用引物的3'末端附近人為引入新的錯配；截短Taq DNA聚合酶；利用正配堿基、錯配堿基摻入的動力學性質的差異，用腺苷三磷酸雙磷酸酶(apyrase)來增強這種差異，從而使信噪比大大提高；以及利用人工修飾的堿基作為3’末端堿基來抑制錯配延伸率等等。
早期的改進方法
Bottema 等（1993）提出兩個解決方案：一是設計引物時，如果引物3'末端可能與樣品模板形成延伸率高的堿基錯配，那么可以考慮以其互補鏈作為模板，從而避開這些高延伸率的錯配。二是把控制PCR反應的關鍵成分稀釋到接近極限的濃度。由于錯配延伸效率畢竟比正配延伸要差，在擴增資源極低的情況下，錯配延伸即使發生，也達不到可被顯示出來的水平，因此避免了假陽性結果。但是，這兩種方案都需要大量實驗來對實驗條件進行摸索優化，因此目前已較少被采用。
近期改進方法：
1. 在3‘末端附近引入額外錯配
2. 腺苷三磷酸雙磷酸酶介導的等位基因特異PCR法(apyrase-mediated allelespecific extension, AMASE)
3. 焦磷酸解激活的聚合反應法(Pyrophosphorolysis-activated polymerization, PAP）
4. 改進酶效率
5. 鎖定的核酸技術(locked Nucleic Acid, LNA)