臨床上堿性磷酸酶染色法對以下疾病有鑒別意義：
類白血病反應顯著增高，慢性粒細胞白血病 （無繼發感染） 顯著減低；急性細菌感染伴白細胞增多時，積分顯著升高，病毒性感染時多正常；真紅細胞增多癥積分升高，繼發性紅細胞增多者則正常，而陣發性血紅蛋白尿癥則減低；再生障礙性貧血患者明顯升高，淋巴細胞白血病往往積分升高，但該病成熟的中性粒細胞較少，較難判斷。
