其主要臨床表現為早期的腹瀉和后期的嚴重營養障礙。短腸綜合征的癥狀一般可分為失代償期、代償期、代償后期三個階段。失代償期即第一階段，是指大量小腸被切除后的早期，殘留的腸道不但不能吸收水與營養，還喪失了胃、膽道、胰腺分泌的消化液，患者可出現不同程度的腹瀉，多數病人并不十分嚴重，少數病人每天腹瀉量可高達2L，稀便中含鉀量可達20mmol/L，因此出現水、電解質、酸堿紊亂及酸堿平衡失調。代償期亦稱第二階段，是經處理后，機體的內穩態得以穩定，腹瀉次數減少，小腸的功能亦開始代償，吸收功能有所增強，腸液的喪失逐漸減少，腸黏膜出現增生。這一階段時間的長短隨殘留小腸的長度、有無回盲部，腸代償功能而定，最長可達2年，一般在6個月左右。代償后期也稱第三階段，是腸功能經代償后具有一定的消化吸收功能。此時，營養支持的方式與量已定型，但需要繼續維持營養，預防并發癥。
短腸綜合征患者若無特殊營養支持治療，會逐漸出現營養不良癥狀，包括體重減輕、疲乏，肌萎縮、貧血、低清蛋白血癥、貧血、皮膚角化過度、肌肉痙攣、凝血功能差及骨痛等。鈣、鎂缺乏可使神經、肌肉興奮性增強和手足搐搦，長期缺鈣還可引起骨質疏松。