真菌性鼻-鼻竇炎的臨床類型是以其病理學為依據的。從病理學角度分為兩大類型：非侵襲型真菌性鼻-鼻竇炎（noninvasive fungal rhino-sinusitis，NIFRS）和侵襲型真菌性鼻-鼻竇炎（invasive fungal rhino-sinusitis，IFRS）。非侵襲型者又依據其不同病理改變分為真菌球（fungus ball，FB）和變應性真菌性鼻-鼻竇炎（allergic fungal rhino-sinusitis，AFRS）。侵襲型者則分為急性侵襲性真菌性鼻-鼻竇炎（acute invasive fungal rhino-sinusitis，AIFRS)和慢性侵襲性真菌性鼻-鼻竇炎（chronic invasive fungal rhino-sinusitis，CIFRS）。
1. 非侵襲型真菌性鼻-鼻竇炎 病理學特征是真菌感染局限在鼻竇腔內，粘膜和骨壁內無真菌侵犯。
（l）真菌球：鼻竇內病變大體特征如肉芽腫樣、干酪樣或壞死樣物，呈暗褐或灰黑色團塊狀。鼻竇內病變不斷增大可壓迫竇壁骨質變薄或吸收，鏡下特征是見大量真菌菌絲、孢子、退變的白細胞和上皮細胞。鼻竇粘膜水腫或增生，但無真菌侵犯。
（2）變應性真菌性鼻-鼻竇炎：鼻竇內病變大體特征為堅硬、易碎或粘稠如濕泥狀物，黃綠色或棕色。鏡下特征（HE染色）表現為在無定形淡嗜酸性或淡嗜堿性變應性粘蛋白（mucin），以及在其中分布著大量的嗜酸細胞及夏-萊（Charcort-Leyden）結晶。嗜酸細胞或散在分布，或聚集成大小不等的簇。散在者常呈破裂狀，其顆粒散于粘蛋白中，但仍然圍繞著核，聚集成簇者常呈核固縮和胞漿深橙色的退變狀態。夏-萊結晶大小不一，呈淡橙色，橫切面呈六角形，縱切面則呈角錐形或紡錘形；分布于退變的嗜酸細胞簇之間，多靠近較大的簇。病變組織Gomori染色（六胺銀染色），可見大量真菌菌絲，或單個或成簇狀分布，鼻竇粘膜表現水腫或增生，然無真菌可見。
近年，歐美學者的研究發現：92%～96%慢性鼻-鼻竇炎/鼻息肉病的鼻分泌物中真菌培養陽性，94%～96%慢性鼻-鼻竇炎的粘液素中大量嗜酸細胞聚集成簇，73%～81%慢性鼻-鼻竇炎手術后標本中能鑒別真菌。鑒于上述發現，學者們認為，以往認為變應性真菌性鼻-鼻竇炎是IgE介導的Ⅰ型變態反應是錯誤的。提議變應性真菌性鼻-鼻竇炎改稱為嗜酸細胞性真菌性鼻-鼻竇炎（eosinophilic fungal rhino-sinusitis，EFRS）。
2．侵襲型真菌性鼻-真竇炎 病理學特征是真菌感染不僅位于鼻竇腔，同時侵犯鼻竇粘膜和骨壁，并向鼻竇外周圍結構和組織如眼眶、前顱底或翼腭窩等發展。
鼻竇內病變大體特征是表現為壞死樣組織、干酪樣物或肉芽樣物，并有大量粘稠分泌物，或血性分泌物。鏡下特征是見大量真菌。鼻竇粘膜和骨質可見真菌侵犯血管，引起血管炎、血管栓塞、骨質破壞和組織壞死等。
（1）急性侵襲性真菌性鼻-鼻竇炎：上述病理改變迅速向周圍結構和組織發展。早期波及鼻腔外側壁、甚至上頜竇前壁、上壁和下壁，累及面部、眼眶和硬腭，后期破壞鼻腔頂壁、篩竇頂壁或蝶竇壁，侵犯顱內，并經血液循環侵犯肝、脾、肺等臟器。
（2）慢性侵襲性真菌性鼻-鼻竇炎：上述病理改變進展緩慢，早期真菌侵犯多限制在鼻竇腔內、粘膜和骨壁。后期侵犯周圍結構和組織。此型又依據其鼻竇內病變的大體特征可分為肉芽腫型和非肉芽腫型。
組織病理學檢查證實病變組織或鼻竇粘膜、骨質中有真菌侵犯是真菌性鼻-鼻竇炎的最終診斷依據。常規HE染色真菌的陽性率大約60%，Gomori染色真菌的陽性率在95%以上。建議臨床采用后者。近年來也有人應用原位雜交法（in situ hybridization，ISH）和Fontana-Masson黑色素染色法，用于真菌培養陰性和不能實施真菌培養時的診斷。