1．聚丙烯酰胺凝膠電泳可用做蛋白質純度的鑒定。聚丙烯酰胺凝膠電泳同時具有電荷效應和分子篩效應，可以將分子大小相同而帶不同數量電荷的物質分離開，并且還可以將帶相同數量電荷而分子大小不同的物質分離開。其分辨率遠遠高于一般層析方法和電泳方法，可以檢出10-9～10-12g的樣品，且重復性好，沒有電滲作用。
2．SDS聚丙烯酰胺凝膠電泳可測定蛋白質分子量。其原理是帶大量電荷的SDS結合到蛋白質分子上克服了蛋白質分子原有電荷的影響而得到恒定的荷/質比。SDS聚丙烯酰胺凝膠電泳測蛋白質分子量已經比較成功，此法測定時間短，分辨率高，所需樣品量極少（1～100μg），但只適用于球形或基本上呈球形的蛋白質，某些蛋白質不易與SDS結合如木瓜蛋白酶，核糖核酸酶等，此時測定結果就不準確。
3．聚丙烯酰胺凝膠電泳可用于蛋白質定量。電泳后的凝膠經凝膠掃描儀掃描，從而給出定量的結果。凝膠掃描儀主要用于對樣品單向電泳后的區帶和雙向電泳后的斑點進行掃描。
4．瓊脂或瓊脂糖凝膠免疫電泳可用于①檢查蛋白質制劑的純度；②分析蛋白質混合物的組分；③研究抗血清制劑中是否具有抗某種已知抗原的抗體；④檢驗兩種抗原是否相同。