病理學：在病理學檢查中，甲苯胺藍染色法常用于染色細胞核，幫助識別和區分不同類型的細胞。這種方法對于觀察細胞核的形態特征具有重要意義，尤其是在腫瘤診斷和分類中。
感染性疾病的診斷：甲苯胺藍染色可以用于檢測真菌和原蟲等病原體。通過染色，這些微生物在顯微鏡下變得可見，從而輔助醫生診斷真菌感染和原蟲感染等疾病。
神經生物學和神經病理學研究：在神經系統的研究中，甲苯胺藍可以用于染色神經組織，幫助科學家觀察和分析神經系統的結構和功能。
血液學：甲苯胺藍染色在血液學領域有廣泛應用，特別是在血液涂片的染色中。它可以幫助識別和分類不同類型的血細胞，包括在白血病的診斷中的應用。
外科手術：在某些外科手術中，甲苯胺藍可以作為標記染料，幫助外科醫生在手術過程中識別和區分不同的組織類型。