1. 用0.5X或1XTBE制備2%（W/V）瓊脂糖凝膠，加入適量的溴化乙錠。
2. 瓊脂糖凝膠的長度與寬度應該與PCR擴增管數量相適應，每一擴增管應有相應的一個電泳泳道，凝膠厚度為3~5 mm，一般用三只梳子形成三排加樣孔。
3. 將PCR擴增管從PCR擴增儀中取出，用加樣器吸取擴增后的反應液，加入相應的加樣孔中。
4. 用15 V/cm 電泳25分鐘；
5. 在紫外燈下或凝膠成像儀上觀察電泳結果，注意觀察每個泳道中內參照引物的擴增產物和相應SSP的擴增產物，并拍照存檔。
