影響鐵、錳原子吸收法準確度的主要干擾是化學干擾。當硅的濃度大于20 mg/L時,對鐵的測定產生負干擾,當硅的濃度大于50 mg/L時,對錳的測定也出現負干擾。這些干擾的程度隨著硅濃度的增加而増加。如試樣中存在200 mg/L氯化鈣時,上述干擾可以消除。一般來說,鐵、錳的火焰原子吸收分析法基體干擾不太嚴重,由分子吸收或光散射造成的背景吸收也可忽略。但對于含鹽量高的工業廢水,則應注意基體干擾和背景校正。
此外,鐵、錳的光譜線較復雜,例如,在Fe線248.3 nm附近還有248.8 nm線;在Mn線279.5 nm附近還有279.8 nm和280.1 nm線,為克服光譜干擾,應選擇最小的狹縫或光譜通帶。