激光掃描共聚焦熒光顯微鏡的缺點

　　標記染料的光漂白：為了獲得足夠的信噪比必須提高激光的強度；而高強度的激光會使染料在連續掃描過程中迅速褪色。

　　光毒作用：在激光照射下，許多熒光染料分子會產生單態氧或自由基等細胞毒素。限制掃描時間、激發光強度，以保持樣品的活性。