黏膜皮膚淋巴結綜合征的病原未明，因而有關發病機制也難以闡明。研究認為超抗原(superantigen)作用是黏膜皮膚淋巴結綜合征發生的起因。超抗原反應不同于經典的抗原抗體反應，它的特點是有很多的免疫細胞參與有些細菌外毒素，包括金黃色葡萄球菌產生的中毒性休克綜合征毒素1(TSST-1)，葡萄球菌腸毒素A至E，鏈球菌致熱外毒素A、B及C，支原體毒素以及某些反轉錄病毒均可以與單核巨噬細胞的主要組織相容性位點結合然后再結合到T細胞受體β鏈可變區(TCR-Vβ)的特殊部位這種側面的鉸鏈樣結合既可顯著地活化單核巨噬細胞，又可選擇性地刺激特殊T細胞使其克隆及增生，釋放超量細胞因子，包括IL-1，IL-2TNF-α和IFN-γ等，導致全身血管內皮細胞損傷Melish發現川崎病急性期患者的TCR-Vβ2及TCR-Vβ3有過度表達，恢復期轉為正常Leung等對16例川崎病患者的咽直腸腋窩、腹股溝采集的標本進行培養，獲得細菌毒素13例，其中11例為金黃色葡萄球菌產生的TSST-1，2例為鏈球菌產生的致熱毒素B和C。因而認為造成黏膜皮膚淋巴結綜合征的超抗原反應主要是細菌毒素，特別是TSST-1。
黏膜皮膚淋巴結綜合征急性期患者血清總補體及C3水平下降免疫復合物檢測呈強陽性反應，至恢復期這些變化逐漸復常。采用靜脈內滴注大劑量人體丙種球蛋白，可明顯減輕血管炎癥反應，并能預防冠狀動脈擴張的發生。上述現象都支持黏膜皮膚淋巴結綜合征的發病機制是某些致病因子所誘發的免疫損害。[1]