流式細胞法FCM（Flow Cytometry Method）可以檢測菌液中標記熒光信號的單細胞，對菌株實現逐一定量分析。流式細胞法檢出的菌數是平板計數法的 3.8 倍，因為能統計到總體菌落數量。利用這個方法檢測牛奶中假單胞菌，能在4 h內完成檢測，且在菌落數含量較少時靈敏度有很大的提高。此方法可以快速準確的檢測原料乳中熒光假單胞菌含量，但流式細胞法操作過程較為復雜，且容易被多種因素影響檢測到的結果。
